An approach towards experimental cDNA sequence determination of predicted genes: An example from Arabidopsis U3-55k homologues

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F05%3A00026949" target="_blank" >RIV/68378050:_____/05:00026949 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

An approach towards experimental cDNA sequence determination of predicted genes: An example from Arabidopsis U3-55k homologues

Original language description

A repressed gene of Arabidopsis thaliana that codes for a homologue of the U3-55K proteins from Arabidopsis, man, mouse, yeast and other eukaryotes was characterized. Treatment with inhibitors of histone deacetylases or DNA methyltransferases induced a low level of mRNA from the repressed Arabidopsis gene. Sequencing of RT-PCR products revealed the open reading frame that differs, in part, from the hypothetical one and encodes a seven-WD-repeat protein highly similar to U3-55K proteins from diverse eukaryotic species. The described approach may help to determine transcript sequences from predicted genes with a low level of expression.

Czech name

Přístup k experimentálnímu stanovování sekvence cDNA předpovězených genů:

Czech description

Byl charakterizován reprimovaný gen Arabidopsis thaliana, který kóduje homolog proteinů U3-55K z Arabidopsis, člověka, myši, kvasinky a dalších eukaryot. Působení inhibitory deacetylas histonů nebo DNA methyltransferas indukovalo nízkou hladinu mRNA z reprimovaného genu Arabidopsis. Sekvenování produktů RT-PCR ukázalo otevřený čtecí rámec, který se částečně liší od hypotetického a kóduje protein obsahující sedm repeticí typu WD, velice podobný proteinům U3-55K z rozličných druhů eukaryot. Popsaný přístup může pomoci při stanovování sekvencí transkriptů z předpovězených genů s nízkou hladinou exprese.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2005

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Gene

ISSN

0378-1119

e-ISSN

—

Volume of the periodical

358

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

NL - THE KINGDOM OF THE NETHERLANDS

Number of pages

6

Pages from-to

67-72

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—