Construction and characterization of a genomic BAC library for the Mus m. musculus mouse subspecies (PWD/Ph inbred strain)

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F05%3A00027416" target="_blank" >RIV/68378050:_____/05:00027416 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Construction and characterization of a genomic BAC library for the Mus m. musculus mouse subspecies (PWD/Ph inbred strain)

Original language description

The genome of classical laboratory strains of mice is an artificial mosaic of genomes originated from several mouse subspecies with predominant representation (>90%) of the Mus m. domesticus component. Mice of another subspecies, East European/Asian Musm. musculus, can interbreed with the classical laboratory strains to generate hybrids with unprecedented phenotypic and genotypic variations. To study these variations in depth we prepared the first genomic large insert BAC library from an inbred strainderived purely from the Mus m. musculus-subspecies. The single nucleotide polymorphism (SNP) between the strains PWD/Ph and C57BL/6J was 0.92/100 bp, a value significantly higher than between classical laboratory strains. Thus the library can serve as aresource for dissecting the phenotypic and genotypic variations between mice of the Mus m. musculus subspecies and classical laboratory mouse strains.

Czech name

Konstrukce a charakterizace genomické BAC knihovny pro myší poddruh Mus m. musculus (Inbrední kmen PWD/Ph)

Czech description

Genom klasických laboratorních kmenů myší je arteficiální mozaikou genomů několika myších poddruhů s převládající reprezentací (>90%) komponenty z Mus m. domesticus. Myši dalšího poddruhu, Mus m. musculus z Východní Evropy a Asie, se může křížit s klasickými laboratorními kmeny a generovat hybridy s nebývalými variacemi fenotypů a genotypů. Pro studium těchto variací jsme připravili první genomickou BACovou knihovnu z inbredního kmene odvozeného zcela z Mus m. musculus poddruhu. Jednonukleotidový polymorfismus (SNP) mezi kmeny PWD/Ph a C57BL/6J vykázal frekvenci 0,92/100 bp, což je hodnota sigbnifikantně vyšší, než mezi klasickými laboratorními kmeny. Knihovna může sloužit jako zdroj pro rozbor fenotypových a genotypových variací mezi myšmi Mus m. musculus poddruhu a klasickými laboratorními kmeny.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/1M0520" target="_blank" >1M0520: Center for Applied Genomics</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2005

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

B M C Genomics

ISSN

1471-2164

e-ISSN

—

Volume of the periodical

6

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

7

Pages from-to

161-167

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—