Formation and temperature stability of G-quadruplex structures studied by electronic and vibrational dichroism spectroscopy combined with ab initio calculations

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F08%3A00097980" target="_blank" >RIV/68378050:_____/08:00097980 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Formation and temperature stability of G-quadruplex structures studied by electronic and vibrational dichroism spectroscopy combined with ab initio calculations

Original language description

Variations in the structure of d(GGGA)5 oligonucleotide in the presence of Li+, Na+, and K+ ions and its temperature stability were studied using electronic and vibrational circular dichroism, IR absorption, ab initio calculations and further characterized by nondenaturing gel electrophoresis. Oligonucleotide d(GGGA)5 in the presence of Li+ forms a nonplanar single tetramer, with angles of 102? and 171? between neighboring guanine bases. This tetramer changes its geometry at temperatures >50?C, but doesnot form a quadruplex structure. In the presence of Na+, the d(GGGA)5 structure was optimized to almost planar tetramers with an angle of 177? between neighboring guanines. The spectral results suggest that it stacks into a quadruplex helical structuredecaying to a single tetramer at temperatures >60?C. The d(GGGA)5 structure in the presence of monovalent ions is stabilized against thermal denaturation in the order Li+ < Na+ < K+.

Czech name

Tvorba a teplotní stabilita G-kvadruplexních struktur studovaných spektroskopií elektronického a vibračního cirkulárního dichroismu v kombinaci s ab initio výpočtem

Czech description

Byly studovány změny ve struktuře d(GGGA)5 oligonukleotidu v přítomnosti Li+, Na+ a K+ iontů pomocí elektronického a vibračního cirkulárního dichroismu, IR absorbce, ab initio výpočtu a dále charakterizovány elektroforeticky v nedenaturujícím prostředí.Oligonukleotid d(GGGA)5 tvořil v přítomnosti Li+ neplanární tetramer s úhly 102? a 171? mezi sousedními quaninovými bázemi. Tento tetramer mění svou geometrii při teplotách >50?C, ale netvoří kvadruplexovou strukturu. V přítomnosti Na+ se struktura d(GGGA)5 optimalizovala do téměř planárních tetramerů s úhlem 177? mezi sousedními quaniny. Spektrální studie ukazují, že se hromadí do kvadruplexové helikální struktury a naopak rozkládají do jednoduchých tetramerů při teplotách >60?C. Struktura d(GGGA)5 v přítomnosti jednomocných iontů je stabilizovaná proti teplotní denaturaci v pořadí Li+ < Na+ < K+.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Biopolymers

ISSN

0006-3525

e-ISSN

—

Volume of the periodical

89

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

9

Pages from-to

144-152

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—