IDEIS – identification of isoforms

Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F23%3A00579452" target="_blank" >RIV/68378050:_____/23:00579452 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://github.com/Lab-of-Adaptive-Immunity/IDEIS" target="_blank" >https://github.com/Lab-of-Adaptive-Immunity/IDEIS</a>
DOI - Digital Object Identifier
—

Result language
angličtina
Original language name
IDEIS – identification of isoforms
Original language description
IDEIS is tool for identification of isoforms of gene PTPRC/CD45 for single-cell RNA data of gene expression obtained by sequencing libraries generated by using 10X Chromium Single Cell 5’ Kits and processed by 10X Cell Ranger. Its main use case is on human data to identify immune cell subtypes, but it might be also applied to data obtained from mice and other organisms (using custom references, which are supported). Its use on data obtained sequencing gene expression libraries generated using 10X Chromium Single Cell 3’ Kits is limited. The main advantage of this software is the identification of isoforms without using CITE-seq protocols requiring antibody staining of CD45 isoforms, simplifying the experiment and allows the application of software on previously processed data, where CITE-seq was not applied.
Czech name
—
Czech description
—

Project
<a href="/en/project/LX22NPO5103" target="_blank" >LX22NPO5103: National Institute of Virology and Bacteriology</a><br>
Continuities
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year
2023
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID
IDEIS01
Technical parameters
IDEIS je soubor skriptů napsán v jazyce Python a R. Je určen pro single-cell RNA data genové exprese získaných sekvenací knihoven generovaných za pomoci 10X Chromium Single Cell 5’ Kitů. Ze seznamu exonů a pravidel na konstrukci umelých “transkriptů” skripty vyhotoví co nejvhodnejší “transkriptom” pro určení isoforem CD45/PTPRC, na který jsou pak mapovány ready za využití externího programu Salmon Alevin. Data jsou pak zpracovány v R pro co nejsnadnější manipulaci pri dalších analýzách. Tento software umožňuje analýzu isoforem bez nutnosti další úpravy experimentu. Licence bude poskytnuta formou CC-BY-4.0. E-mail: juraj.michalik@img.cas.cz
Economical parameters
Úspora nákladů na sekvenačním kitu a protilátkach v hodnotě 20 000 Kč na experiment. Úspora času při přípravě označování buněk protilátkami během přípravy single-cell experimentů nevyžadujících jiné protilátky a jejich následné analýzy v hodnotě cca. 20 človekohodin na experiment.
Owner IČO
68378050
Owner name
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i

Similar results(10)