Proteinové počítačové modelování a simulace molekulární dynamiky

Poskytovatel

Akademie věd České republiky

Program

Informační společnost (Národní program výzkumu)

Veřejná soutěž

Informační společnost 1 (SAV02004-IS)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

1ET400110403

Název projektu anglicky

Protein computer modeling and molecular dynamics simulation

Anotace anglicky

The main goal of the proposal is to develop the laboratory of the protein structure modelling and of the molecular dynamics simulation equipped with and adequate hardware and software. Such a laboratory has to be flexible enough to reflect growing demands of other laboratories to visualize details of the protein structure and molecular dynamics. The practical goal will be a contribution to understanding of the molecular mechanism of the transport function of Na, K-ATPase, namely determination of amino acid residues involved in the interaction of the H4-H5 loops of Na, K-ATPase in e1 and E2 conformations. To achieve this goal, the model of the enzyme structure in E2 conformation has to bu calculated. Computer modelling is the only way to visualize suchan interaction due to experimation of the H4-H5 loop solely in E1 conformation. Determination of such an interaction is a key point to understand the enzyme function. Molecular mechanism of the enzyme phosphorylation will also be studied.

Kategorie VaV

NV - Neprůmyslový výzkum (aplikovaný výzkum s výjimkou průmyslového)

CEP - hlavní obor

BO - Biofyzika

CEP - vedlejší obor

EI - Biotechnologie a bionika

CEP - další vedlejší obor

IN - Informatika

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10610 - Biophysics<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Byl vytvořen 3D model H4-H5-smyčky alfa-podjednotky Na,K-ATPázy v E1 i E2 konformaci. Byl objasněn molekulární mechanismus fosforylace tohoto enzymu. Dále byly připraveny modely biomechanických vlastností chrupavčitých tkání a modely růstu chondrocytů.

Zahájení řešení

1. 7. 2004

Ukončení řešení

31. 12. 2007

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

28. 2. 2007

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP08-AV0-1E-U/02:2

Datum dodání záznamu

4. 5. 2009

Celkové uznané náklady

2 040 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

2 040 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč