3D yeast colony genomics: A model for cancer progression and development of drug resistance in biofilms

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

Finanční mechanismy EHP/Norsko

Veřejná soutěž

Finanční mechanismy EHP/Norsko 1 (SMSM20147F1)

Hlavní účastníci

Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-28477/2014

Název projektu anglicky

3D yeast colony genomics: A model for cancer progression and development of drug resistance in biofilms

Anotace anglicky

Studies of cell differentiation, spatial position, cell-cell interaction and signaling within organized yeast communities such as colonies and biofilms have revealed the existence of unique processes associated with the yeast multicellular life-style. These findings showed that specific attributes attributed previously only to metazoans have their counterparts in yeast multicellular structures. Yeast colonies therefore recently became an excellent simple model for investigation of these processes, the molecular principles of which are often conserved among eukaryotes, including humans. Recent findings of both Czech teams behind this proposal showed that colonies behave as simple multicellular organisms in which cells differentiate, acquire specific properties and communicate with each other. The main aim of the project is to identify, using next-generation DNA/RNA sequencing methodology provided by the Norwegian partner, novel molecular mechanisms involved in development of yeast cells within differentiated colony resembling cells of mammalian solid tumors, as well as those involved in development of protective mechanisms in yeast biofilm colonies. The research is based on recent findings of both Czech partners regarding metabolic parallels between differentiated yeast colonies and tumor-affected organism and of those regarding defense strategies in biofilm colonies. YEASTSEQ will also create new long-term cooperation between Czech and Norwegian teams and significantly expand the knowledge and skills of the participating teams, including PhD students and young researchers. Specific aims include: i) Quantitative analysis of transcriptomes of different types of differentiated cells of yeast colonies by RNA Seq; ii) identification of the mutation rate in the cell subpopulations by whole genome re-sequencing and iii) determining of epigenetic regulations involved in the reprogramming of structured biofilm colonies by FAIRE and Chromatin Immunoprecipitation (ChIP).

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - další vedlejší obor

FD - Onkologie a hematologie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30204 - Oncology<br>30205 - Hematology

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt YEASTSEQ může být považován za provedený, ale nezveřejnil žádné výsledky během způsobilé doby řešení. Nicméně výsledky odhalují základní znaky nádorových kvasinkových buněk, které by mohly umožnit další studie lékařsky významných patogenních kvasinkových filmů. Celkové hodnocení projektu je dobré.

Zahájení řešení

15. 10. 2014

Ukončení řešení

30. 4. 2017

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

15. 3. 2017

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP18-MSM-7F-U/05:1

Datum dodání záznamu

21. 11. 2018

Celkové uznané náklady

25 076 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

25 076 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč