Struktura, exprese a evoluce genů pro ribosomální RNA u rostlin: novými přistupy k řešení starých otázek
Cíle projektu
Most, if not all, wild and cultivated plants are polyploids and have undergone at least one, and usually several cycles of genome duplication during the course of their evolution. Despite significant progress in our understanding of polyploid genomes many aspects of their evolution remain poorly understood. For over decades, the rRNA genes (rDNA) have been the most popular target region in the nuclear genome for evolutionary studies of diverse plant groups. We aim to determine the chromosome and unit organization and expression of rDNA in several groups of higher plants, particularly in a sample representing the allopolyploid (combination of interspecific hybridization with genome multiplication) species of recent origin. Using genomic, population genetics, and next-generation sequencing approaches we will assess the genetic and epigenetic plasticity of rDNA units. The objects of research will include both crop and natural populations of invasive species. The recently developed on-line database of rDNA loci will be continuously updated and analyzed.
Klíčová slova
polyploidyevolutiongenomechromosomerDNAmutationhomogenizationselectionnext generation sequencing
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 17 (SGA0201300005)
Hlavní účastníci
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
13-10057S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Structure, expression and evolution of ribosomal RNA genes in plant genomes: new approaches to old questions
Anotace anglicky
Polyplodie sehrává významnou úlohu v evoluci cévnatých rostlin včetně hospodářsky významných plodin. V kombinaci s mezidruhovou hybridizací (alopolyploidie) může vest ke vzniku nových biologických druhů s odlišnými fenotypy a adaptačními schopnostmi. Navzdory pokroku v porozumění funkce a evoluce polyploidního genomu, mnoho zásadních otázek zůstává nejasných, z nichž některé se pokusíme zodpovědět v navrhovaném projektu. Předmětem výzkumu budou geny pro ribosomální RNA (rDNA), které jsou esenciálními složkami všech buněk, a které byly v minulosti předmětem mnoha evolučních a cytogenetických studií. Cílem projektu je studovat jejich chromosomální a jednotkovou organizaci a expresi v procesu alopolyplodie. Genetická a epigenetická plasticita rDNA bude analyzována metodami klasické molekulární biologie a genomickými přístupy včetně sekvenačních metod nové generace. Předmětem výzkumu budou jak hospodářské plodiny tak i přírodní populace invasivních alopolyploidních druhů. Konečně bude periodicky aktualizována a analyzována veřejně přístupná elektronická databáze rostlinných lokusů rDNA.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Projekt byl zaměřen převážně na základní výzkum. Byly získány originální poznatky o evoluci ribosomálních RNA genů (rDNA) v rostlinách. Bylo zjištěno, že u většiny rostlinných a živočišných druhů probíhá homogenizace stovek až tisíců genových kopií rDNA extrémně účinně. Cíle projektu byly nepochybně naplněny.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 2. 2013
Ukončení řešení
31. 12. 2016
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
5. 4. 2016
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Datum dodání záznamu
28. 6. 2017
Finance
Celkové uznané náklady
3 740 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
3 740 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
3 740 tis. Kč
Statní podpora
3 740 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 02. 2013 - 31. 12. 2016