Epigenomika při integraci retrovirů

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 18 (SGA0201400001)

Hlavní účastníci

Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

14-34873S

Název projektu anglicky

Epigenomics of retroviral integration

Anotace anglicky

Genetic information is interpreted by epigenetic marks, DNA methylation and modification of histone tails, which control the transcriptional activity of genes and higher-order genome structures. Retroviruses integrated into the host genome are tightly dependent on the context of adjacent DNA. Our previous work points to the role of epigenomic features of integration sites. We suggest detailed characterization of provirus transcription/silencing in single-cell clones harboring just one provirus and correlate the proviral expression with genomic/epigenomic parameters of the integration sites. We plan to study both active and transcriptionally repressed proviruses (either avian sarcoma virus or HIV-1), we will discriminate experimentally inducible proviruses and proviruses oscilating between expression and silencing. Of special interest will be the proviral silencing during the integration process, where the epigenetic mechanisms connected with DNA repair might be involved. The results of this project will be relevant for gene therapy and eradication of the latent HIV-1 reservoir.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt byl řešen na vysoké odborné úrovni a poskytl zcela nové a unikátní výsledky ohledně transkripční aktivity provirů vzhledem k epigenetickým modifikacím genomu. Řešitelskému kolektivu se podařilo určit polohu provirů v genomu a vliv histonového kódu. Projekt vyústil do dvou velice kvalitních publikací a jednoho manuskriptu, který je v současné době v recenzním řízení.

Zahájení řešení

1. 1. 2014

Ukončení řešení

23. 4. 2018

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

5. 4. 2016

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP19-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

12. 6. 2019

Celkové uznané náklady

5 836 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 836 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč