Validace a interpretace modulovaných struktur
Cíle projektu
Modulované krystaly se vyznačují porušením trojrozměrné translační symetrie. Jejich struktury jsou počítány metodami programu JANA2006. Podle našich odhadů se vědci během stoleté existence krystalografie setkali se zhruba šesti tisíci modulovanými strukturami. V důsledku technických omezení, náročnosti metod a nedostatku interpretačních nástrojů z nich však byla plně vyřešena a publikována pouze část. Náš projekt se zabývá validací a interpretací (3+1)-rozměrných modulovaných struktur. Budou vyvinuty snadno použitelné nástroje pro manipulaci, validaci a vizualizaci modulovaných CIF souborů, nástroje pro rozbor čtyřrozměrných Fourierových map a dále prostředky pro průzkum geometrie modulovaných struktur včetně nevazebných interakcí. Chyby v určení struktury budou přehledně indikovány pomocí tzv. alertů. Navrhované prostředky interpretace a validace budou začleněny do programu JANA2006 a propojeny s databázi modulovaných struktur v Bilbau. Usnadněním práce autorů i editorů dosáhneme lepšího poměru publikovaných a odložených modulovaných struktur.
Klíčová slova
structure analysisx-ray diffractionmodulated crystals` aperiodic crystals` Jana2006` incommensurate structures
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 19 (SGA0201500001)
Hlavní účastníci
Fyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
15-12653S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Validation and Interpretation of Modulated Structures
Anotace anglicky
Modulated crystals are characterized by broken three-dimensional translational symmetry. Their structures are calculated by methods of the program JANA2006. By our estimation, about 6000 modulated structures was encountered by researches during the centennial existence of crystallography. Only fraction of them was fully solved and reported due to technical limitations, demanding methods and insufficient interpretation tools. Our project addresses validation and reporting of (3+1)-dimensional modulated structures. User-friendly tools will be developed for manipulation, validation and visualization of modulated CIF files; for investigation of (3+1)-dimensional Fourier maps; and for examination of geometry of modulated structures including non-bonding interactions. Mistakes in structure determinations will be indicated by system of alerts. The proposed tools will be implemented to JANA2006 and connected with the database of modulated structures in Bilbao. The facilitation of both author’s and editor’s work will lead to improved ratio between published and discarded modulated structures.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CB - Analytická chemie, separace
CEP - vedlejší obor
CC - Organická chemie
CEP - další vedlejší obor
CA - Anorganická chemie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10401 - Organic chemistry
10402 - Inorganic and nuclear chemistry
10406 - Analytical chemistry
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Hlavním cílem projektu bylo rozšíření krystalografického programového balíku Jana2006 o celou řadu nových funkčností (Data checker, CIF wizard, De Wolff spider, vizualizace tzv. dvojčat, ...). Výstupem projektu je několik desítek publikací, jejichž krystalografická část vznikla za pomocí SW Jana2006. Část cestovného byla vynaložena na školení nových uživatelů Jana2006.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2015
Ukončení řešení
31. 12. 2017
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
5. 4. 2017
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP18-GA0-GA-U/02:1
Datum dodání záznamu
4. 5. 2018
Finance
Celkové uznané náklady
6 258 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
6 258 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
6 258 tis. Kč
Statní podpora
6 258 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
CB - Analytická chemie, separace
Doba řešení
01. 01. 2015 - 31. 12. 2017