Chybné cílení somatických hypermutací a jeho vliv na nestabilitu genomu B lymfocytů
Cíle projektu
Somatické hypermutace (SHM) vnášejí bodové mutace do imunoglobulinových (Ig) genů B lymfocytů v průběhu imunitní odpovědi. Tato reakce je zahájena deaminací cytosinu působením aktivací indukované deaminázy (AID) a ukončena zpracováním výsledných uracilů, při kterém dochází k chybám. I když jsou SHM směrovány cis elementem DIVAC (DIVersification Activator) do lokusu Ig, novější studie ukazují, že k SHM dochází i na jiných místech genomu; SHM tedy představují hrozbu pro stabilitu genomu. Tento problém studujeme pomocí našeho nového reportérového testu SHM založeného na retrovirových vektorech nesoucích náš speciálně vyvinutý fluorescenční marker (GFP7a), který ztrácí fluorescenci v důsledku aktivity SHM v buňce. Tyto vektory použijeme při hledání potenciálních neimunoglobulinových DIVAC elementů v genomu a při analýze (chybného) cílení a regulace SHM. Budeme sledovat genomové a epigenomové účinky na SHM aktivitu a snažit se stanovit SHM kapacitu i v jiných buňkách než B lymfocyty. Naše výsledky by mohly poskytnout nové poznatky o mechanismu SHM a jeho role při vzniku malignit.
Klíčová slova
somatic hypermutationimmunoglobulin diversificationDIVACdiversification activatorenhancerretroviral vector
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 19 (SGA0201500001)
Hlavní účastníci
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
15-24776S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Mistargeting of somatic hypermutation and its role in B cell genome instability
Anotace anglicky
Somatic hypermutation (SHM) introduces point mutations into immunoglobulin (Ig) genes in germinal center B cells during an immune response. The reaction is initiated by cytosine deamination by activation-induced deaminase (AID) and completed by error-prone processing of the resulting uracils. Although SHM is directed to the Ig locus by cis element DIVAC (DIVersification Activator), newly emerging studies report SHM activity to occur more genome-wide; thus SHM represents a threat to the genome integrity. We address this problem with our novel SHM reporter assay based on retroviral vectors bearing our specially designed fluorescence marker (GFP7a), which loses its fluorescence as a result of SHM activity in the cell. Our vectors will be utilized in the search for potential genomic non-Ig DIVAC elements and for analysis of SHM (mis)targeting and regulation. Genomic and epigenomic position effects on SHM will be studied and the SHM capacity of non-B cells will be assessed. Our results could provide a novel insight into the mechanism of SHM and its role in malignancies.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
EC - Imunologie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
30102 - Immunology
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Řešitel doložil 3 publikace. Jako první byla předložena publikace v časopise Viruses. Zde řešitel vystupuje v roli spoluautora. Nově-publikovaný článek v Cell Reports přímo odpovídá cílům projektu se zásadním podílem řešitele. Další článek byl přijatý do tisku v časopise European Journal of Immunology. Zmíněné práce přináší zajímavé výsledky v daném oboru, a tudíž lze považovat projekt za splněný.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2015
Ukončení řešení
29. 11. 2019
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
5. 4. 2017
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP20-GA0-GA-U/01:1
Datum dodání záznamu
2. 7. 2020
Finance
Celkové uznané náklady
4 771 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
4 771 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
4 771 tis. Kč
Statní podpora
4 771 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 01. 2015 - 29. 11. 2019