Termodynamická analýza sekundárních struktur RNA a jejich interakcí s ligandy
Cíle projektu
Záměrem předloženého projektu je získat přesnější termodynamické parametry, které jsou nutné k lepšímu pochopení struktury RNA a její termodynamické stability. Pokroky na poli 3D modelování RNA závisí na podrobném pochopení všech faktorů, které ovlivňují termodynamickou stabilitu sekundárních struktur RNA. Většina termodynamických parametrů používaných k předpovídání 3D struktury RNA byla získána nepřímo ze spektroskopických dat pomocí van’t Hoffovy analýzy. Tato metoda vychází při stanovení změny entalpie spojené s táním RNA z pouze dvoustavového přechodu. Nevýhodou této aproximace však je, že může zakrýt přítomnost dalších přechodových konformací. Naším úmyslem je použít ke studiu stability RNA diferenční skenovací kalorimetrii, která umožňuje přímo měřit entalpii spojenou s táním RNA struktur o libovolné molekularitě a poskytuje informace o změnách entalpie bez použití jakéhokoliv modelu. Získané údaje mohou navíc přispět k lepšímu pochopení vztahu mezi stabilitou RNA a jejími interakcemi s ligandy.
Klíčová slova
RNA secondary structurescalorimetrythermodynamicsRNA recognitionRNA-ligand interactions
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 20 (SGA0201600001)
Hlavní účastníci
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
16-03517S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Thermodynamics of RNA secondary structures and application to RNA-ligand interactions
Anotace anglicky
This application proposes to address the need for more accurate thermodynamic data that are still essential for the understanding of RNA structure and its energetic stability. Advances in the field of 3D modeling of RNA rely on gaining a detailed understanding of the factors that influence the thermodynamic stability of RNA secondary structures. Most of the thermodynamic parameters used for predicting RNA structure were derived from UV melting curves using van’t Hoff analysis which assumes a two-state process to determine indirectly the unfolding enthalpy. Such an approximation may, however, mask the presence of other stable conformations involved in the unfolding process. We intend to use differential scanning calorimetry that directly measures the unfolding enthalpy and can be utilized to study the stability of RNA structures of any molecularity, providing direct information on enthalpy changes due to dissociations, without any model assumption. In addition, obtained data could help to understand the relationship between the overall stability of the RNA and RNA-ligand interactions.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
BO - Biofyzika
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10610 - Biophysics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Projekt se věnoval zkoumání termodynamické stability sekundárních struktur RNA a hledání nových ligandů, které se mohou cíleně vázat na vybrané strukturní motivy. Bylo například zjištěno, že poznatky týkající se vazby platinových komplexů SI-PPCs na RNA lze v principu využít jako východisko k vývoji nových léčiv s protinádorovými účinky. Získané výsledky byly shrnuty ve 3 publikacích.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2016
Ukončení řešení
31. 12. 2018
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
26. 4. 2018
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP19-GA0-GA-U/01:1
Datum dodání záznamu
12. 6. 2019
Finance
Celkové uznané náklady
4 236 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
4 038 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
198 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
4 236 tis. Kč
Statní podpora
4 038 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
BO - Biofyzika
Doba řešení
01. 01. 2016 - 31. 12. 2018