Termodynamická analýza sekundárních struktur RNA a jejich interakcí s ligandy

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 20 (SGA0201600001)

Hlavní účastníci

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

16-03517S

Název projektu anglicky

Thermodynamics of RNA secondary structures and application to RNA-ligand interactions

Anotace anglicky

This application proposes to address the need for more accurate thermodynamic data that are still essential for the understanding of RNA structure and its energetic stability. Advances in the field of 3D modeling of RNA rely on gaining a detailed understanding of the factors that influence the thermodynamic stability of RNA secondary structures. Most of the thermodynamic parameters used for predicting RNA structure were derived from UV melting curves using van’t Hoff analysis which assumes a two-state process to determine indirectly the unfolding enthalpy. Such an approximation may, however, mask the presence of other stable conformations involved in the unfolding process. We intend to use differential scanning calorimetry that directly measures the unfolding enthalpy and can be utilized to study the stability of RNA structures of any molecularity, providing direct information on enthalpy changes due to dissociations, without any model assumption. In addition, obtained data could help to understand the relationship between the overall stability of the RNA and RNA-ligand interactions.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

BO - Biofyzika

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt se věnoval zkoumání termodynamické stability sekundárních struktur RNA a hledání nových ligandů, které se mohou cíleně vázat na vybrané strukturní motivy. Bylo například zjištěno, že poznatky týkající se vazby platinových komplexů SI-PPCs na RNA lze v principu využít jako východisko k vývoji nových léčiv s protinádorovými účinky. Získané výsledky byly shrnuty ve 3 publikacích.

Zahájení řešení

1. 1. 2016

Ukončení řešení

31. 12. 2018

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

26. 4. 2018

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP19-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

12. 6. 2019

Celkové uznané náklady

4 236 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 038 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

198 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč