Charakterizace struktury nukleových kyselin v komplexním prostředí živých buněk pomocí vysoce rozlišené NMR spektroskopie

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 20 (SGA0201600001)

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

16-10504S

Název projektu anglicky

Characterization of nucleic acids structure in complex environment of living cells using high-resolution NMR spectroscopy

Anotace anglicky

Nucleic acids are polymorphic biopolymers whose structure sensitively responds to non-specific physical-chemical environmental factors such as molecular crowding, pH, temperature, water activity, or nature/concentration of ions. This inherent property renders analysis of physiologically relevant structure, particularly that of DNA, using conventional diffraction/spectroscopic methods problematic. In vitro methods often provide structural information specific to the experimental setup and the subjective choice of buffering system. Here we propose development of a novel suite of in-cell NMR experiments and in-cell NMR data interpretation schemes enabling ab initio determination of both DNA and RNA structures in a complex environment of living cells. Besides, we propose an approach, based on in-vivo/in-cell NMR spectroscopy, leading to the formulation of buffering systems emulating a non-specific intracellular environment. The buffer systems to be developed might serve as reference conditions in stereochemical studies of biopolymers using conventional spectroscopic techniques.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CB - Analytická chemie, separace

CEP - vedlejší obor

BO - Biofyzika

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10406 - Analytical chemistry<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Cílem řešení projektu bylo vyvinout metodiku strukturní analýzy nukleových kyselin pomocí NMR s vysokým rozlišením přímo živých buňkách. Získání vysoce kvalitních výsledků umožnilo publikování vědeckých prací ve vysoce impaktovaných časopisech. Počet výstupů je sice nižší v porovnání s jinými projekty, ale zato jejich kvalita ukazuje na excelenci řešitelského kolektivu v daném oboru.

Zahájení řešení

1. 1. 2016

Ukončení řešení

22. 7. 2020

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

26. 4. 2018

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP21-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

12. 4. 2021

Celkové uznané náklady

6 211 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 755 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

456 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč