Strukturní analýza interakce transkripčních faktorů s promotorovými sekvencemi

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 20 (SGA0201600001)

Hlavní účastníci

Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

16-24309S

Název projektu anglicky

Mass Spectrometric 3D Structure Analysis of DNA Response Elements / Transcription Factor Association and Modeling

Anotace anglicky

The structural analysis of heterogeneous native biomolecular interactions in vivo is hampered by the lack of suitable fast and high-throughput methods with an appropriate resolving power. The 2D proteomic mass spectrometric (MS)-based analysis of the interactome currently represents the gold standard for the target identification and novel drug screening. A cohort of new structural mass spectrometric methods (MS3D) supported by molecular dynamics (MD) modeling algorithms is fully complementary to the existing high-resolution but non-native structural methods. The goal of this project is to develop the MS3D method of biomolecular interaction pairs of the transcription factor (TF) and its DNA response element, both in vitro and in vivo models. The low-resolution analysis of the individual structures and their interaction landscapes will deliver experimental data feedback to the predictive MD computation of native heterogeneous complexes. The ultimate mission is to establish the MS3D native structural analysis as a novel standard of biomolecular analysis for the rational drug design.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CE - Biochemie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Tento projekt se zabývá vývojem a implementací pokročilých proteomických metod s využitím špičkové hmotnostně spektrometrické instrumentace. Projekt zahrnuje spolupráci s vynikající americkou skupinou v oboru zahrnující studentské výměny a vývoj nového typu iontového zdroje. Výsledky byly publikovány v 7 článcích, většina z nich v časopisech s vysokým impakt faktorem.

Zahájení řešení

1. 1. 2016

Ukončení řešení

22. 7. 2020

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

26. 4. 2018

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP21-GA0-GA-U/01:1

Datum dodání záznamu

12. 4. 2021

Celkové uznané náklady

4 554 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 554 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč