Výkonnostní techniky pro sestavování a anotaci bakteriálního genomu využívající číslicové zpracování genomických signálů

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 21 (SGA0201700001)

Hlavní účastníci

Vysoké učení technické v Brně / Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

17-01821S

Název projektu anglicky

High throughput bacterial genome assembly and annotation techniques using genomic signal processing

Anotace anglicky

The project is focused on computational whole-genome analysis of bacteria using digital signal processing methods (DSP). As first, a new algorithm for genome assembly will be developed with detection of copy number variation segments (CNV) from sequencing data in signal representation. The algorithm will better preserve repetitive information in the genome which is necessary for detection and classification of mobile genetic elements (MGE) that carry genes of antibiotic resistance. A vector of characteristic features will be constructed on the basis of known MGE and with the help of DSP methods like spectral analysis or wavelet transform. The vector is needed for compilation of classification model using machine learning techniques which will be used to identify undescribed MGE to provide more precise description of origin and spreading of bacterial resistance. The development of new computational methods will be tested and laboratory validated on real genomes of bacteria Klebsiella pneumoniae and Clostridium difficile in labs of University Hospital Brno.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

IN - Informatika

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Zahájení řešení

1. 1. 2017

Ukončení řešení

31. 12. 2021

Poslední stav řešení

—

Poslední uvolnění podpory

6. 6. 2019

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP21-GA0-GA-R/13:1

Datum dodání záznamu

22. 2. 2021

Celkové uznané náklady

5 555 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

5 483 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

72 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč