Polymorfní G-quadruplexy v promotorových oblastech genů
Cíle projektu
G-kvadruplexy (G4) jsou čtyř-řetězcové DNA struktury. Sekvence, které mají schopnost formovat G4 se hojně vyskytují v lidském genomu. G4 se ve zvýšené míře vyskytují v promotorových oblastech genů. G4 podílející se na regulaci transkripce jsou jednou z nejvíce studovaných skupin strukturních motivů DNA. Stabilizace G4 motivů pomocí nízkomolekulárních látek, jež vede k modulaci exprese onkogenů, se jeví jako velmi slibný přístup léčby rakoviny. G4 motivy jsou strukturně polymorfní; G4 povětšinou existují jako směs různých a různě populovaných konformačních stavů. Populace jednotvých stavů jsou určeny jejich termodynamickou stabilitou a zaroveň i rychlostí jejich formování. Nicméně, ne všechny vlastnosti vykazované polymorfními G4, včetně polymorfismu jako takvého, jsou nutně důležité pro jejich biologickou funkci. Schopnost identifikovat funkčně důležité vlastnosti polymorfních G4 motivů je předpokladem pro racionální vývoj léčiv vykazujících specificitu vůči konkrétním G4 motivům v konkretních oblastech genomu.
Klíčová slova
DNAG-quadruplexconformational polymorphismspromotertranscriptional regulationpluripotent genesneutral evolution
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Hlavní účastníci
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institutDruh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
17-12075S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Polymorphic G-quadruplexes in gene promoters
Anotace anglicky
G-quadruplexes (G4) are tetraplex DNA structures. G4 forming sequences are abundant in human genome. G4s are notably overrepresented in promoter regions of genes. G4 forming sequences from the promoter regions contributing to transcriptional regulation are arguably the most studied group of DNA regulatory elements nowadays. Targeting of regulatory G4 motifs using small molecular weight compounds to modulate expression levels of oncogenes emerges as a novel anti-cancer strategy. The G4 motifs are generally marked structural polymorphism manifested by coexistence of several G4 conformations; individual G4 structures in the polymorphic mixture have different populations as result of their distinct thermodynamic stabilities and/or differences in kinetics of their formation. While all these properties are inherent features of the conformational space for given G4 forming sequence, not all of them are necessarily important for their function in vivo. Our ability to identify G4 properties critical for its function is prerequisite for rational development of G4-specific drugs.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CE - Biochemie
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Projekt se zabýval charakteristikou strukturních parametrů G-kvadruplexů DNA, jejich biologickou funkcí a identifikací vazebných proteinů. Projekt vyústil celkem do pěti velice kvalitních publikací a dvou knižních kapitol a přinesl zcela nové informace o těchto široce zastoupených genomových motivech.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2017
Ukončení řešení
31. 12. 2019
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
7. 5. 2019
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP20-GA0-GA-U/02:1
Datum dodání záznamu
23. 7. 2020
Finance
Celkové uznané náklady
10 826 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
9 812 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
1 014 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
10 826 tis. Kč
Statní podpora
9 812 tis. Kč
90%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
CE - Biochemie
Doba řešení
01. 01. 2017 - 31. 12. 2019