MolMeDB - Ověřené predikce interakcí nízkomolekulárních látek s biologickými membránami
Cíle projektu
Bariéra, rezervoár, nebo molekulární cíl – to jsou jen některé funkce, které hrají biologické membrány v komplexní výměně látek v organismu. Detailní znalost interakcí mezi molekulami a membránami je tak podmínkou pro lepší pochopení funkce molekul v organismu. Většina dnešních nízkomolekulárních léčiv má amfifilní charakter, což jim umožňuje interagovat s biologickými membránami. Totéž platí i pro řadu endobiotik. A přesto je nejčastějším a často jediným parametrem používaným k popisu interakce molekul s membránou ve většině databází partiční koeficient oktanol/voda (logP). Protože biologické membrány nejsou tvořeny oktanolovou fází, navrhujeme shromáždit a vypočítat detailní informace o afinitě, pozicování a penetraci látek membránami v otevřeně přístupné databázi MolMeDB s cílem vytvořit validovanou teoretickou predikci směřování, funkční pozice a průniku molekul u jednotlivých typů biologických membrán.
Klíčová slova
biological membranesbioinformaticscheminformaticsdrug-membrane interactionsmembrane penetrationmembrane partitioningmembrane positioningdrug distributionlipophilicity
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Hlavní účastníci
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
17-21122S
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
MolMeDB - Validated Predictions of Small Molecule Interactions with Biological Membranes
Anotace anglicky
Barrier, reservoir, target site - those are but some of the possible functions of biological lipid membranes in the complex interplay of molecules within the organism. A detailed knowledge of interactions between molecules and lipid membranes is therefore the prerequisite for a better understanding of molecule’s action. Many of today's pharmaceuticals are amphiphilic, enabling them to interact with biological membranes. The same is true for many endobiotics. In spite of that, the only parameter used to describe interactions of small molecules with biological membranes in most databases is octanol/water partition coefficient (logP). Since biological membranes are not made of bulk octanol phase, we propose to gather and compute detailed information about partitioning, positioning and penetration of molecules in membranes in an openly accessible database – MolMeDB. Our aim is to provide validated computational predictions of molecules’ distribution, positional function and penetration on individual biological membrane types.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - další vedlejší obor
FR - Farmakologie a lékárnická chemie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10403 - Physical chemistry
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
30104 - Pharmacology and pharmacy
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2017
Ukončení řešení
31. 12. 2021
Poslední stav řešení
—
Poslední uvolnění podpory
14. 6. 2019
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP21-GA0-GA-R/11:1
Datum dodání záznamu
22. 2. 2021
Finance
Celkové uznané náklady
4 971 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
4 554 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
417 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
4 971 tis. Kč
Statní podpora
4 554 tis. Kč
91%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 01. 2017 - 31. 12. 2021