Mapování konformačního prostoru riboswitchů

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 22 (SGA0201800001)

Hlavní účastníci

Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

18-25349S

Název projektu anglicky

Mapping the conformational space of the riboswitches

Anotace anglicky

Riboswitches are regulatory elements mostly located in 5’-UTR region of bacterial mRNAs, which predetermine them as potential targets for new class of antibiotics. Detail knowledge of their structural dynamics is thus required for better understanding of their regulatory mechanisms. While the most structures of riboswitches were identified in their holo-forms (with ligand bound), structural characterization of their alternate functional state, apo-form (without ligand), is challenging. The theoretical simulations might bring unique structural-dynamics insights into the mechanism of riboswitch actions. However, while coarse-grain methods are able to sample complex structural changes of riboswitches, but lacks a sufficient accuracy for prediction of the associated free energy changes, the more accurate all-atom enhanced sampling techniques cannot be directly applied to large and flexible systems such as riboswitches. Therefore we propose two strategies how to combine advantages of both above-mentioned approaches for mapping the conformational space of riboswitches.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10610 - Biophysics

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

BO - Biofyzika

Zahájení řešení

1. 1. 2018

Ukončení řešení

31. 12. 2022

Poslední stav řešení

—

Poslední uvolnění podpory

24. 4. 2020

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP22-GA0-GA-R

Datum dodání záznamu

22. 2. 2022

Celkové uznané náklady

3 409 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

2 872 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

537 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč