Komparativní genomika, transkriptomika a proteomika hlavních močových proteinů myši domácí

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 23 (SGA0201900001)

Hlavní účastníci

Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

19-19056S

Název projektu anglicky

Comparative genomics, transcriptomics, and proteomic of major urinary proteins in house mouse

Anotace anglicky

Major urinary proteins (MUPs) transport and protect volatile ligands but they can themselves act as olfactory cues. Since MUPs contribute to complex information about the donor they can play an important role in divergence between nascent species. Despite of being intensively studied, majority of the studies focused on the “classical” inbred strain C57 while wild house mouse populations have scarcely been studied. Here we focus on the following questions: What is the DNA sequence structure of the Mup cluster in 8 wild derived strains of 3 subspecies (musculus, domesticus, castaneus) and 4 non-commensal mouse species? How does copy number variation (CNV) contribute to the variation? Which genes are expressed on the RNA and protein levels? How do different types of social interactions affect expression of individual MUPs? For solving these questions we use modern genomic (long-reads sequencing, NGS, CNV identification with NGS and ddPCR), transcriptomic (qPCR of cDNA, NGS-based techniques), and proteomic (mass spectroscopy) methods.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EA - Morfologické obory a cytologie

Zahájení řešení

1. 1. 2019

Ukončení řešení

30. 6. 2022

Poslední stav řešení

—

Poslední uvolnění podpory

1. 4. 2022

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP23-GA0-GA-R

Datum dodání záznamu

26. 6. 2023

Celkové uznané náklady

6 080 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

6 080 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč