Bioinformatická a experimentální identifikace nekanonických struktur v genomové DNA

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 11 (SGA02008GA-ST)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

204/08/1560

Název projektu anglicky

In vitro and in silico identification of non-canonical DNA structures in genomic DNA sequences

Anotace anglicky

Genomic sequencing generated an increased interest in non-coding DNA. This applies also to non-canonical DNA structures and their possible biological functions. Here we propose to combine molecular biology, bioinformatics and the latest computer technology in an effort to understand, predict and map the occurrence of biologically important DNA structures in genomes. Motivated by our previous research, we will focus on non-canonical DNA structures (cruciforms, triplex, slippage- and Z-DNA). We will improve (and where necessary develop) tools for in silico prediction of these DNA structures. Predictions will be verified by carefully planned laboratory experiments, focusing on promoter regions of cancer-related genes (e.g. p53, MDM2, hsp90, EGFR) studiedin the applicant's laboratory. Our ability to rapidly analyze full genomes will come from the use of special algorithms and applications built around FPGA hardware-acceleration cards. As a result, we will obtain annotations of genomes for

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

IN - Informatika

CEP - další vedlejší obor

JC - Počítačový hardware a software

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20206 - Computer hardware and architecture<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Řešený projekt se zaměřil na skloubení nejnovějších technologií v&nbsp;oblasti hardwarových akcelerací, molekulární biologie s bioinformatikou ve snaze pochopit, předpovídat a mapovat v&nbsp;lidském genomu výskyt biologicky důležitých struktur. Na zákla?

Zahájení řešení

1. 4. 2008

Ukončení řešení

31. 12. 2010

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

16. 4. 2010

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP11-GA0-GA-U/03:3

Datum dodání záznamu

9. 2. 2015

Celkové uznané náklady

2 647 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

2 647 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč