Analýza a vzorkování molekulárních simulací pomocí kontradiktorních autokodérů

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

SGA0202200004

Hlavní účastníci

Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

22-29667S

Název projektu anglicky

Analysis and sampling of molecular simulations by adversarial autoencoders

Anotace anglicky

Significant acceleration of molecular simulations would enable their higher contribution to the design of new drugs or proteins. Current algorithms are slow due to high energy barriers between different states of the system and due to the necessity to use slow simulation steps. The goal of this project is to address this problem by artificial neural networks, namely, by the adversarial autoencoder algorithm. This algorithm will be applied to analyze the simulation trajectories by dimensionality reduction. Next, it will be used in combination with metadynamics to accelerate the barrier crossing and to predict the free energy profile of the studied system. Finally, this algorithm will be used to sample new states of the molecular system with orders of magnitude higher efficiency (longer step size) compared to conventional simulations.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10403 - Physical chemistry

OECD FORD - vedlejší obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

CE - Biochemie<br>CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie<br>EB - Genetika a molekulární biologie

Zahájení řešení

1. 1. 2022

Ukončení řešení

31. 12. 2024

Poslední stav řešení

—

Poslední uvolnění podpory

29. 2. 2024

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP25-GA0-GA-R

Datum dodání záznamu

12. 3. 2025

Celkové uznané náklady

5 188 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 685 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

503 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč