Detekce kryptických aktivních míst proteinů pomocí strojového učení

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

SGA0202300001

Hlavní účastníci

Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

23-07349S

Název projektu anglicky

Targeting protein cryptic binding sites with machine learning

Anotace anglicky

Knowledge of binding sites (BSs) is one of the prerequisites of rational drug design. However, traditional BS detection approaches fail to identify cryptic BSs (CBSs), i.e., sites that change conformation upon ligand binding. Although several methods for CBS detection exist, they are all restricted to protein structure, missing a great number of BSs detectable in the available protein sequences. Therefore, we propose a sequence-based deep learning solution for CBS detection which uses structural data only in the training phase. The solution will be based on a graph neural network architecture, taking as its input a protein sequence graph representation that will encode important residue relationships. To train the model, we will develop a knowledge base (KB) of experimental and predicted protein structure states. The KB will serve as the source for the first-of-its-kind benchmark dataset for CBS detection, a substantial contribution to both bioinformatics and machine learning research. The solution will be integrated into an existing framework for structure-based BS detection.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

AF - Dokumentace, knihovnictví, práce s informacemi<br>BC - Teorie a systémy řízení<br>BD - Teorie informace<br>IN - Informatika

Zahájení řešení

1. 3. 2023

Ukončení řešení

31. 12. 2025

Poslední stav řešení

B - Běžící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

4. 5. 2023

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-GA0-GA-R

Datum dodání záznamu

19. 2. 2024

Celkové uznané náklady

7 346 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

6 860 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

486 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč