Ab Initio Prediction of Protein Structure: Viewing Protein Folding as the Intramolecular Solvation Problem

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

SGA0202600001

Hlavní účastníci

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

26-22168S

Název projektu anglicky

Ab Initio Prediction of Protein Structure: Viewing Protein Folding as the Intramolecular Solvation Problem

Anotace anglicky

Is the vast conformational space of oligopeptides and proteins amenable to ab initio structural predictions? We propose multidisciplinary research that combines state-of-the-art computational chemistry and accurate machine-learned oligopeptide potentials with applications in molecular biophysics and structural biology. First, we will develop a new computational tool, denoted tentatively as QMLFold. This would allow us to enter ‘terra incognita’ of protein structure predictions - oligopeptides, intrinsically disordered proteins, or smaller de novo designed (metallo)-proteins; all of them with great biological, medical or industrial potential. Notably, QMLFold will view protein folding from a conceptually different perspective, as a ‘universal solvation problem’ (i.e., as a covalently linked ensemble of amino acid side chains, solvated in themselves) which is in stark contrast to the standard atomistic approach, adopted in force-field simulations.The experimental validation of QMLFold will involve the synthesis and structural characterization of designed (metallo-)proteins.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

AF - Dokumentace, knihovnictví, práce s informacemi<br>BC - Teorie a systémy řízení<br>BD - Teorie informace<br>IN - Informatika

Zahájení řešení

1. 1. 2026

Ukončení řešení

31. 12. 2028

Poslední stav řešení

Z - Začínající víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

—

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP26-GA0-GA-R

Datum dodání záznamu

4. 5. 2026

Celkové uznané náklady

8 196 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

6 378 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

1 818 tis. Kč