Zpracování dat pro post-genomickou analýzu medicínsky významných mikroorganizmů

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 6 (SGA02004GA-ST)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

—

Název projektu anglicky

Data mining for post-genomic analysis of medically relevant microorganisms

Anotace anglicky

The aim of the project is the development of data mining algorithms for analysis of complex proteomic and transcriptomic databases. The developed algorithms will be applied on transcriptomic and proteomic data of two model organisms - pathogenic Neisseria meningitidis in the conditions of iron-regulated gene expression, and Streptomyces coelicolor cell cycle - important model of class of industrial antibiotic producing microorganisms. In the development of the algorithms main focus will be givento fuzzylogic and genetic search approaches. The goal is a comprehensive analysis of global changes in gene expression during iron limitation in the meningococcus and during live cycle of streptomycetes in various conditions of growth, identification ofproteinsand protein clusters associated with the given phenomena and their correlation with known function in the cell processes, cell morphology and development. Ultimate goal is a reconstruction of the network scheme of the basic control processes.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

EI - Biotechnologie a bionika

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

V bioinformatické části projektu byly vytvořeny algoritmy pro analýzu časových řad genové exprese pro identifikaci a modelování kinetiky transkripčních regulačních sítí. V biologické části projektu byl analyzován proteom Neiserie meningitidis rostoucího

Zahájení řešení

1. 1. 2004

Ukončení řešení

1. 1. 2006

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

—

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP07-GA0-GA-U/03:2

Datum dodání záznamu

16. 10. 2007

Celkové uznané náklady

3 190 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 190 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč