Probádání regioselektivit u evolučně získaných epoxidhydrolas
Cíle projektu
Cílem projektu je hlubší porozumění jedné důležité, ale dosud opomíjené vlastnosti epoxidhydrolas (EHs), a to je regioselektivita. Vztah mezi strukturou a funkcí u dvou strukturálně rozdílných EHs bude zkoumán řízenou evolucí v oblasti substrátového tunelu (tj. iterativní saturační mutagenezí a hledáním funkčních enzymů s pozměněnou regioselektivitou). Bude následovat podrobná charakterizace dvou finálních variant těchto evolučně získaných enzymů pomocí steady-state kinetiky (substrátové spektrum, enantioselektivita a regioselektivita) a počítačových metod (modelování struktury a substrate docking). Náš výzkum objasní vztah mezi strukturou vazebného místa a kinetickým rozlišením enzymového ataku při reakci vůči jednotlivým enantiomerům substrátu u EHs.Lepší porozumění regioselektivitě u EHs nám pomůže vytvořit enantiokonvergentní EHs, které jsou velice užitečnými biokatalyzátory v biotransformacích.
Klíčová slova
regioselectivitydirectedevolutionproteinengineeringsubstratebindingsiteenantiomers
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
P207-10-0135
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Investigations into regioselectivity of evolved epoxide hydrolases
Anotace anglicky
The project aims for a deeper understanding of an important but yet neglected characteristic of epoxide hydrolases (EHs): regioselectivity. Structure-function relationships will be approached using directed evolution of the substrate tunnel region of twostructurally different model EHs by iterative saturation mutagenesis and functional screening for altered regioselectivity. A detailed characterization of the two final evolved enzyme variants by steady-state kinetics (substrate spectrum, enantioselectivity, and regioselectivity) and computational methods (structural modelling and substrate docking) will follow. Our research will shed light on the relationship between structure of a substrate binding site and kinetic differentiation of attack on substrate enantiomers by EHs. A deeper understanding of regioselectivity in EHs will help us construct enantioconvergent EHs, which are very useful biocatalysts for biotransformation reactions.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EI - Biotechnologie a bionika
CEP - vedlejší obor
CE - Biochemie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
20801 - Environmental biotechnology
20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management
20803 - Environmental biotechnology related ethics
20901 - Industrial biotechnology
20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation
20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials
30401 - Health-related biotechnology
30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)
30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])
30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)
30405 - Medical biotechnology related ethics
40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology
40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming
40403 - Agricultural biotechnology related ethics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
V průběhu projektu docházelo k významným změnám v řešitelském týmu, které nepochybně negativně ovlivnily řešení. Nicméně se podařilo vyselektovat řadu mutantů enzymu, které fungovaly. Výsledkem jsou 3 solidní publikace. Projekt tedy lze považovat ze spl?
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2010
Ukončení řešení
31. 12. 2012
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
1. 4. 2012
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP13-GA0-GA-U/02:3
Datum dodání záznamu
17. 5. 2016
Finance
Celkové uznané náklady
2 507 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 507 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
2 507 tis. Kč
Statní podpora
2 507 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EI - Biotechnologie a bionika
Doba řešení
01. 01. 2010 - 31. 12. 2012