Struktura a dynamika DNA. Pokročilé počítačové studie.

Název projektu anglicky
Structure and dynamics of DNA. Advanced computational studies.
Anotace anglicky
The project will study important features of DNA molecules using state-of-the-art theoretical (computational) approaches: advanced quantum chemical (QM) calculations and explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations. The studied issues will include: In-depth QM characterization of the intrinsic stacking signatures of all ten unique B-DNA base pair steps, using conformational scans, experimental geometries and geometries derived by simulations, with the aim to understand relation between base stacking and B-DNA local conformational variations. These computations will be accompanied by microsecond-scale simulations of specific B-DNA oligomers, such as phased A-tracts. Prediction of intermediates in formation/folding of four-stranded DNA molecules (G-DNA and i-DNA) using MD simulations and free energy computations. Complete QM analysis of conformational space of the DNA sugar-phosphate backbone. MD analysis of structural dynamics and sequence-dependence of DNA four-way junctions. Besides substantially improving our basic knowledge about DNA structural dynamics, the project will also contribute to the development of methodology, for example by attempting to refine parameters for description of DNA backbone in the simulation force field.

Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
CEP - vedlejší obor
BO - Biofyzika
CEP - další vedlejší obor
CE - Biochemie
OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Systematická práce řešitele ve studiu nukleových kyselin a široká síť spoluprací vede k zásadním pokrokům v modelování NK. Počet výsledků (35 článků + kapitola v knize) je mimořádný a počet citací na vzniklé práce ojedinělý. I po nutné korekci počtu výstupů na v mnoha případech mnohonásobnou dedikaci projektům GA ČR i jiným, nelze hodnotit projekt jinak než excelentně.

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP16-GA0-GA-U/01:1
Datum dodání záznamu
25. 9. 2017

Podobné projekty(10)