Evoluce genomu alopolyploidních řeřišnic (Cardamine) rozdílného fylogenetického stáří
Cíle projektu
Polyploidie hraje významnou roli při speciaci semenných rostlin. Nicméně překvapivě málo je známo o stabilitě chromosomů v prvních generacích po vzniku alopolyploidů a u evolučně mladých polyploidů. Poprvé bude použita technika kombinované GISH a SMC (genomická in situ hybridizace a srovnávací malování chromosomů) u hybridních a alopolyploidních řeřišnic (Cardamine) k analýze intergenomických chromosomových interakcí. GISH identifikuje rodičovské chromosomové sady a intergenomické translokace, zatímco SMC odhalí inter- a intrachromosomové přestavby. Stabilita chromosomů bude analyzována u nedávno (ca. 100 let) vzniklého triploidního hybrida C. ´ insueta (2n=24) a autoalohexaploida C. schulzii (2n=48), a u evolučně staršího druhu C. flexuosa (2n=32). U tří analyzovaných alopolyploidních taxonů budou etablovány syntetické linie a chromosomová stabilita monitorována v posloupných generacích. Příčiny karyologické variability budou studovány na základě analýzy jaderných a chloroplastových markerů.
Klíčová slova
polyploidyinter-specieshybridizationchromosomerearrangementsgenomicsituhybridizationcomparativechromosomepaintingcytogeneticsmolecularphylogeneticsBrassicaceae
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Hlavní účastníci
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakultaDruh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
P501-10-1014
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Genome evolution in Cardamine allopolyploids of contrasting phylogenetic age
Anotace anglicky
Polyploidy is playing a crucial role in speciation of spermatophytes. Nevertheless, surprisingly little is known about the chromosome stability in first generations following the polyploid origin and in recent polyploids. For the first time, the combined GISH/CCP technique (Genomic In Situ Hybridization/Comparative Chromosome Painting) will be applied to analyze inter-genomic chromosomal interactions in Cardamine hybrids and allopolyploids. GISH will identify parental chromosome complements and inter-genomic translocations, whereas CCP will pinpoint inter- and intra-chromosome rearrangements. The chromosome stability will be analyzed in the recent hybrid Cardamine ´ insueta (2n=24) and its autoallohexaploid derivative C. schulzii (2n=48) (both c. 100 years old), as compared to an old allotetraploid species C. flexuosa (2n=32). For the three taxa, synthetic lines will be established and the chromosome stability monitored in successive generations. Karyological variation will be related to phylogenetic relationships inferred from the analysis of nuclear and chloroplast markers.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
EF - Botanika
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10611 - Plant sciences, botany
10612 - Mycology
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Bylo potvrzeno, že Cardamine flexuosa je alotetraploid vzniklý hybridizací C.hirsuta x C.amara, byl potvrzen vznik hybridogenních populací. Výsledkem grantu jsou dvě publikace a metodická kapitola v knize. Hodnoceno vynikající.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2010
Ukončení řešení
15. 4. 2014
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
1. 4. 2014
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP15-GA0-GA-U/01:2
Datum dodání záznamu
30. 9. 2017
Finance
Celkové uznané náklady
6 743 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
6 743 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
6 743 tis. Kč
Statní podpora
6 743 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 01. 2010 - 15. 04. 2014