Podrobné asociační mapování oblasti chromozómu 2q prasete ovlivňující jakost masa a studium pozičních kandidátních genů
Cíle projektu
Mezi významné užitkové vlastnosti vhodné pro selekci pomocí genů patří u prasat jakost masa. Předcházející celogenomové mapování odhalilo řadu kvantitativních lokusů ovlivňujících kvalitu masa. QTL ovlivňující pH1, pHU, vaznost vody a barvu byl několikaskupinami na různých populacích detekován na chromozómu 2q v oblasti 55 - 77.9 cM. Cílem návrhu projektu je podrobné asociační mapování pomocí četných jednonukleotidových polymorfismů (SNP). V první etapě bude vyvinuto asi 25 rovnoměrně rozložených SNP v genech ve studované oblasti. Genotypování a asociační studie těchto SNP budou provedeny u kohort plemen duroc (n = 700) a bílé ušlechtilé (n = 700) s fenotypovými hodnotami pro pH1, pHU, vaznost vody a barvu masa (Minolta). Na základě této asociační analýzy budou vybrány poziční kandidátní geny, které budou parciálně klonovány pomocí PCR. Komparativním sekvenováním PCR produktů získaných od prasat plemen duroc, bílé ušlechtilé, meishan a piétrain bude hledán polymorfismus v kódujících a regulačních oblastech (promotor a 3? UTR). Asi 50 SNP v kandidátních genech bude genotypováno na výše zmíněných populacích. Asociační analýzy budou provedeny jak s jednotlivými SNP tak s konstruovanými haplotypy. Vytypované kandidátní geny budou studovány podrobně.
Klíčová slova
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
P502-10-1216
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Fine association mapping of the porcine chromosome 2q region influencing meat quality and study of positional candidate genes
Anotace anglicky
Meat quality is economically very important trait, which is potentially suitable for gene-assisted selection. Previous whole genome scans revealed many QTL affecting meat quality traits in pigs. The QTL affecting pH1, pHU, water holding capacity and meatcolour was detected by several groups in different populations on porcine chromosome 2q in the region between 55 and 77.9 cM. The aim of this project proposal is fine multimarker association mapping of this chromosome region using SNPs. In the first period about 25 evenly spaced gene-tagged SNPs will be developed. Genotyping and association analyses of these SNPs will be performed in Duroc (n = 700) and Large White (n = 700) cohorts with phenotypic records for pH1, pHU, water holding capacity and meatcolour (Minolta). After association analyses positional candidate genes will be selected. Genes will be partially cloned using PCR and the PCR products of Duroc, Large white, Meishan and Piétrain will be comparatively sequenced to reveal polymorphisms incoding and regulatory (promoter and 3?-UTR) regions. About 50 candidate gene-tagged SNPs will be genotyped in aforementioned populations. Association analyses will be performed both with individual SNPs and constructed haplotypes. Hot candidate genes will be studied in detail.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
GI - Šlechtění a plemenářství hospodářských zvířat
CEP - vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
40203 - Husbandry
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Při řešení projektu bylo provedeno podrobné asociační mapování 2q regionu 2. chromozómu prasete, ve kterém se nacházejí QTL pro kvalitu jatečného těla a masa. Studiem kandidátních genů na populacích prasat vzniklých křížením plemen prasat s různým genet?
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2010
Ukončení řešení
31. 12. 2012
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
1. 4. 2012
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP13-GA0-GA-U/02:3
Datum dodání záznamu
17. 5. 2016
Finance
Celkové uznané náklady
3 889 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
3 889 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Uznané náklady
3 889 tis. Kč
Statní podpora
3 889 tis. Kč
0%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
GI - Šlechtění a plemenářství hospodářských zvířat
Doba řešení
01. 01. 2010 - 31. 12. 2012