Podrobné asociační mapování oblasti chromozómu 2q prasete ovlivňující jakost masa a studium pozičních kandidátních genů

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Standardní projekty

Veřejná soutěž

Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

P502-10-1216

Název projektu anglicky

Fine association mapping of the porcine chromosome 2q region influencing meat quality and study of positional candidate genes

Anotace anglicky

Meat quality is economically very important trait, which is potentially suitable for gene-assisted selection. Previous whole genome scans revealed many QTL affecting meat quality traits in pigs. The QTL affecting pH1, pHU, water holding capacity and meatcolour was detected by several groups in different populations on porcine chromosome 2q in the region between 55 and 77.9 cM. The aim of this project proposal is fine multimarker association mapping of this chromosome region using SNPs. In the first period about 25 evenly spaced gene-tagged SNPs will be developed. Genotyping and association analyses of these SNPs will be performed in Duroc (n = 700) and Large White (n = 700) cohorts with phenotypic records for pH1, pHU, water holding capacity and meatcolour (Minolta). After association analyses positional candidate genes will be selected. Genes will be partially cloned using PCR and the PCR products of Duroc, Large white, Meishan and Piétrain will be comparatively sequenced to reveal polymorphisms incoding and regulatory (promoter and 3?-UTR) regions. About 50 candidate gene-tagged SNPs will be genotyped in aforementioned populations. Association analyses will be performed both with individual SNPs and constructed haplotypes. Hot candidate genes will be studied in detail.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

GI - Šlechtění a plemenářství hospodářských zvířat

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>40203 - Husbandry

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Při řešení projektu bylo provedeno podrobné asociační mapování 2q regionu 2. chromozómu prasete, ve kterém se nacházejí QTL pro kvalitu jatečného těla a masa. Studiem kandidátních genů na populacích prasat vzniklých křížením plemen prasat s různým genet?

Zahájení řešení

1. 1. 2010

Ukončení řešení

31. 12. 2012

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

1. 4. 2012

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP13-GA0-GA-U/02:3

Datum dodání záznamu

17. 5. 2016

Celkové uznané náklady

3 889 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 889 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč