Zjišťování historie speciace z populačních genomových dat: lekce od sekavců a slavíků
Cíle projektu
Zavedení sekvenačních technologií další generace otevřelo novou éru v populační genetice. Nové metody umožňují rychlé a levné sekvenování celých genomů či transkriptomů i u nemodelových organismů. V tomto projektu navrhujeme použít metodu 454 sekvenováníza účelem studia historie speciace a hybridizace u dvou organismů: hybridního komplexu sekavců a dvou hybridizujících druhů slavíků. Obě skupiny představují opačné extrémy, co do možných výstupů hybridizace: zatímco u slavíků zprostředkovávají mendelovští hybridi genový tok mezi druhy, u sekavců hybridizace vede k vývoji asexuality. V rámci projektu osekvenujeme cDNA ze somatických a germinálních tkání několika jedinců každého studovaného druhu. Získaná data nám pomohou objasnit několik důležitých otázek týkajících se speciace jako je například úloha pohlavních chromosomů v reprodukční izolaci či vznik sexuálních druhů z klonálních hybridních linií. Kromě toho nám získaná data pomohou identifikovat kandidátní speciační geny, což může přinést nový vhled do genetické podstaty speciace.
Klíčová slova
454sequencingpopulationgenomicsspeciationhybridizationspinedloachesnightingales
Veřejná podpora
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
Program
Standardní projekty
Veřejná soutěž
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
P506-10-1155
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Inferring the history of speciation from genome-wide population data: lessons from spined loaches and nightingales
Anotace anglicky
Introduction of next-generation sequencing technologies has opened a new era in population genetics, allowing for rapid and inexpensive collection of genome-wide sequence data even for non-model species. Here, we propose to use 454 sequencing to study history of speciation and patterns of hybridization in two non-model organisms: hybrid complex of spined loaches and two hybridizing species of nightingales. Both groups lay on opposite extremes of potential hybridization outcomes: while in nightingales the Mendelian hybrids mediate gene flow between the species, hybridization in spined loaches leads to asexuality. We will sequence cDNA from multiple somatic and germinal tissues from several individuals of each species. The obtained data will help us to understand several fundamental questions about speciation, including the role of sex chromosomes in reproductive isolation or the origin of sexual species from asexual hybrid lineages. Moreover, our data will enable us to identify candidate speciation genes, which can provide new insights into the genetic underpinnings of speciation.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EG - Zoologie
CEP - vedlejší obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10613 - Zoology
10614 - Behavioral sciences biology
10615 - Ornithology
10616 - Entomology
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Během řešení projektu byly publikovány celkem 4 vědecké práce, z nich 3 lze považovat za mimořádně kvalitní, neboť jejich IF přesahuje hodnotu 3.
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 2010
Ukončení řešení
31. 12. 2013
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
12. 6. 2013
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP14-GA0-GA-U/01:1
Datum dodání záznamu
1. 7. 2014
Finance
Celkové uznané náklady
8 718 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
8 718 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
8 718 tis. Kč
Statní podpora
8 718 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Grantová agentura České republiky
CEP
EG - Zoologie
Doba řešení
01. 01. 2010 - 31. 12. 2013