Funkční role a divergence ekotypů u vodních ultramikrobakterií

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Eurocores

Veřejná soutěž

Eurocores 25 (SGA02010GA3EU)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

EEF-10-E011

Název projektu anglicky

Functional role and ecotype divergence in freshwater ultramicrobacteria (FREDI)

Anotace anglicky

 The high in situ abundances and thecosmopolitan distribution of relatively few phylogenetic lineages ofultramicrobacteria strongly point to their evolutionary success and functionalsignificance at the ecosystem level. Actinobacteria of the AcI lineagerepresents one of this group. We plan metagenomic sequencing of the cultures ofActinobacteria to revel the following: Firstly,we shall seek for genome-based differences of carbon metabolism and substratepreference. Secondly, we will focus on actinorhodopsin genes in the AcI clades,because they suggest a different role of these groups in ecosystem processesthan in other bacteria. Thirdly, genes encoding surface layer proteins seem toconvey particularly high predation resistance in Ac1 bacteria. Genesresponsible for the development of the S-layer (possibly influencing grazing resistance)will be revealed and grazing experiments will be planned based on the resultsof metagenomic sequencing. Real-time PCR assays will be developed and appliedto reveal the distribution of the AcI bacteria encoding actinorhodopsins andthe S-layer.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - další vedlejší obor

EH - Ekologie – společenstva

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt, který byl součástí mezinárodního projektu EUROCORE umožnil detailněji prostudovat málo známou skupinu ultramikrobakterií. Byla studována variabilita a výskyt aktinorhodopsinového genu ve sladkovodním prostředí, byly objeveny mnohé nové genotypy?

Zahájení řešení

1. 7. 2010

Ukončení řešení

31. 12. 2013

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

12. 6. 2013

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP14-GA0-GE-U/01:1

Datum dodání záznamu

27. 6. 2014

Celkové uznané náklady

3 159 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 159 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč