Analýza diversity metabolicky aktivních bakterií v kontaminované zemině s využitím isotopového značení a metagenomiky

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Postdoktorandské granty

Veřejná soutěž

Postdoktorandské granty 14 (SGA0201300006)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

13-20414P

Název projektu anglicky

Diversity analysis of metabolically active bacteria in contaminated soil using stable isotope probing and metagenomics

Anotace anglicky

Accurate assessment of microbial diversity and activity and their responses to different stimuli is one of the central goals of microbial ecology. This project aims to employ DNA-stable isotope probing (SIP) and metagenomics to extensively study microbial communities and their functional genes in polychlorinated biphenyl (PCB)-contaminated soil. The overall aim is to discover how shifts in microbial community structure (upon the presence of halophytic plant species, excess of salt, and bioaugmentation)correlate with changes in metabolic activity and hence the removal of PCBs from the soil. In addition to phylogenetic diversity, functional diversity will be analyzed of the genes encoding for dioxygenases involved in the biodegradation of biphenyl and PCBs. The planned experimental design also has an advantage that it will monitor the diversity and abundance of these dioxygenases in response to contamination of a pristine soil. This will help further relate the primary structure of these enzymes with the affinity towards PCBs.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - vedlejší obor

EH - Ekologie – společenstva

CEP - další vedlejší obor

DK - Kontaminace a dekontaminace půdy včetně pesticidů

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10511 - Environmental sciences (social aspects to be 5.7)<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Řešení projektu přineslo nové informace o změnách diverzity a metabolické aktivity indigenních mikrobiálních populací v závislosti na různých typech stresu a jeho nápravě. Byly zavedeny postupy pro vytěžování nových sekvencí z metagenomů. Výsledky jsou ?

Zahájení řešení

1. 2. 2013

Ukončení řešení

31. 12. 2015

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

10. 4. 2015

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP16-GA0-GP-U/01:1

Datum dodání záznamu

6. 5. 2016

Celkové uznané náklady

1 996 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 996 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč