Molekulární analýza komplexního genomu u patovarů bakterie Pseudomonas syringae a návrh DNA-čipu pro jejich paralelní detekci

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Postdoktorandské granty

Veřejná soutěž

Postdoktorandské granty 7 (SGA02007GA1PD)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

522/07/P338

Název projektu anglicky

Molecular analysis of complex genom of Pseudomonas syringae pathovars and design of DNA-chip for their parallel detection

Anotace anglicky

Molecular biology techniques will be used for analysis of important fytopathogenic bacterium Pseudomonas syringae and its pathovars. Czech and foreign strains will be used for creation of our bacterial collection. Genetic diversity among all isolates will be specified by method of rep-PCR (repetitive sequence-based PCR) and PFGE (pulse field gel electrophoresis). The second one will also help to calculate aproximate genom size for each strain. Hybridization techniques (Southern blot) will be used forlocalization of important virulence factors genes and show their population distribution and linkage to certain bacterial strain or genotype. The last aim of this work is to develop universal DNA-chip for parallel detection of pathovars. Both the nucleotidesequences from public databases (Ribosomal Database Project-II, GenBank) and own sequencing data will be used for design of oligonucleotide probes.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

GF - Choroby, škůdci, plevely a ochrana rostlin

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Hodnocení poskytovatelem

O - Nesplněno zadání, smlouva však byla dodržena

Zhodnocení výsledků projektu

Cíle projektu byly splněny, ale výsledky dosud nebyly publikovány.

Zahájení řešení

1. 1. 2007

Ukončení řešení

31. 12. 2009

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

22. 4. 2009

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP10-GA0-GP-U/03:3

Datum dodání záznamu

1. 3. 2016

Celkové uznané náklady

1 430 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 430 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč