In vivo inkorporace fluorescenčních aminokyselin a ab initio modelování proteinů; univerzální nástroje pro zjištění topologie membránových proteinů.

Poskytovatel

Grantová agentura České republiky

Program

Postdoktorandské granty

Veřejná soutěž

Postdoktorandské granty 12 (SGA02012GA1PD)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

P207-12-P890

Název projektu anglicky

In vivo incorporation of fluorescent amino acids and ab initio protein modelling: versatile tools for determination of membrane protein topology.

Anotace anglicky

Adenylate cyclase toxin (CyaA), a key virulence factor of bacterium Bordetella pertussis, is a single polypeptide of 1706 residues. This toxin attacks preferentially cells bearing integrin receptor CD11b/CD18 where CyaA binds to the membrane and deliversits enzymatic (AC) domain into the cytoplasm where it produces large amounts of cAMP. The transmebrane domain (TM) of CyaA between residues 490-720 is responsible for CyaA binding to the membranes and formation of cation selective pore. At least two amphipatic helices (502-522 and 565-591) predicted within TM are crucial for both pore formation and for AC domain translocation. Although the TM is essential for the toxin activities its structure is unknown. The goal of this study is finding the membranetopology of this domain. For this purpose we will use in vivo incorporation of the fluorescent aminoacids sensitive to the environment together with the time resolved spectrofluorometry. The role of individual transmembrane helices will be tested on thesingle molecular level using electrochemical measurements on black lipid membranes.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CE - Biochemie

CEP - vedlejší obor

BO - Biofyzika

CEP - další vedlejší obor

EE - Mikrobiologie, virologie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Hodnocení projektu je kritické k vykazovaným publikačním výstupům v rámci řešení projektu. Tyto výstupy často nesouvisejí s řešením projektu a některé z nich vznikly evidentně před jeho zahájením. Ačkoliv závěrečná zpráva koresponduje s vytýčeným plánem?

Zahájení řešení

1. 1. 2012

Ukončení řešení

31. 12. 2014

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

31. 3. 2014

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP15-GA0-GP-U/02:2

Datum dodání záznamu

6. 5. 2016

Celkové uznané náklady

2 087 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

2 087 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč