Anomerní D- a L-oligonukleotidy s izopolární, izosterní fosfonátovou internukleotidovou vazbou: Syntéza, hybridizační vlastnosti a spektroskopie
Cíle projektu
Hlavním cílem projektu je 1) studium nových reakcí na cukerném kruhu nukleosidu vedoucím k příslušným fosfonátovým analogům nukleotidů, 2) syntéza odpovídajících oligonukleotidů na pevné fázi a 3) studium základních fyzikálně-chemických a biologických vlastností modifikovaných oligonukleotidů. Detailněji se chemická část projektu zabývá přípravou C-substituovaných geminálních hydroxyfosfonátů a elektrofilní adicí těchto látek na anomerní 4, 5-didehydronukleosidy v D- i L-řadě. Vzniklé 4-C-fosfonomethoxynukleosidy substituované v poloze 5 budou transformovány na vhodně chráněné monomery pro fosfotriesterovou syntézu oligonukleotidů na pevné fázi. Připravené oligonukleotidy budou podrobeny komplexnímu studiu jejich fyzikálně chemických vlastností, zejména jejich hybridizačních schopností ve vztahu k typu fosfonátové vazby, se zřetelem k výběru kandidátů vhodných pro užití jako antisensní oligonukleotidy a aptamery.
Klíčová slova
Phosphonate aligonucleotidesisosteric phosphonatenon-isosteric phosphonateoligonucleotide hybridisationsolid-phase assemblyTm valueRNase Henzyme stabilityNMRRamanMD simulationconformation
Veřejná podpora
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
Program
Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména v AV ČR
Veřejná soutěž
—
Hlavní účastníci
Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
—
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Anomeric D- and L-oligonucleotides with isopolar, isosteric internucleotide linkage: Synthesis, hybridization properties and spectroscopy
Anotace anglicky
Project is directed towards synthesis of isopolar, isosteric phosphonate analogs of nucleotides and oligonucleotides based on them which contain enzyme-stable internucleotice bond, attention being paid to some specific properties of oligonucleotides. Main aims are 1)study of new reactions on sugar ring of nucleotide leading to appropriate phosphonate nucleotide analogs, 2)solid-phase synthesis of related oligonucleotides and 3)study of basic physico-chemical and biological properties of modified oligonicleotides. The chemical part deals with the preparation of C-substituted geminal hydroxyphosphonates and their lelctropholic addition to anomeric 4,5-didehydro-nucleosides in both D- and L-series under presence of two different electrophilic agents. 4,5-C-Phosphonomethoxynucleosides substitued in 5-position will be tranformed to suitably protected monomers for phosphotriester solid-phase oligonucleotide synthesis. Obtained oligonucleotides will be subjected to complex investigation.
Vědní obory
Kategorie VaV
—
CEP - hlavní obor
CC - Organická chemie
CEP - vedlejší obor
—
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10401 - Organic chemistry
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Byly získány nové izosterní fosfonátové analogy aligothymidylátů. Klíčový vliv 4'-substituentů na hybridizační afinitu byl studován srovnáním s produkty vstřídných syntéz dvou nových typů stálejších oligomerů a fyzikálními metodami (MDS, Raman, NMR).
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 1. 1999
Ukončení řešení
1. 1. 2001
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
—
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP/2002/AV0/AV02IA/U/N/7:3
Datum dodání záznamu
15. 1. 2007
Finance
Celkové uznané náklady
5 127 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 445 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
2 682 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
5 127 tis. Kč
Statní podpora
2 445 tis. Kč
47%
Poskytovatel
Akademie věd České republiky
CEP
CC - Organická chemie
Doba řešení
01. 01. 1999 - 01. 01. 2001