Biofyzika a bioinformatika genomových fragmentů DNA velice bohatých na guanin a adenin

Poskytovatel

Akademie věd České republiky

Program

Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména v AV ČR

Veřejná soutěž

Výzkumné granty 9 (SAV02009-A)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

IAA500040903

Název projektu anglicky

Biophysics and bioinformatics of genomic DNA fragments very rich in guanine and adenine

Anotace anglicky

We will perform a bioinformatic analysis of the human, chimp and other genomes to identify and localize the longest blocks with an extremely high content of adenine and guanine in one strand of DNA. We will compare results obtained with various genomes to understand function of the blocks. Using NMR spectroscopy, we will determine a detailed molecular structure (GA)n and (GAA)n. Using CD spectroscopy and gel electrophoresis we will compare secondary structures of fragments related to (GA)n and (GAA)n. Using PCR we will assess their inclination to expansion that relates to genome evolution and its pathological changes. We will develop photochemical methods to find secondary structure of the fragments in genomic content. Empirical analysis of the crystalstructures of DNA will serve to find the role of vertical interactions of bases and their hydrogen bonding. The project shall contribute to a better understanding of the role the very long(G+A) fragments play in the genomes.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

BO - Biofyzika

CEP - vedlejší obor

CE - Biochemie

CEP - další vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Bylo zjištěno, že lidský genom obsahuje velmi mnoho dlouhých úseků, kde se v jednom řetězci vyskytuje pouze guanin a adenin. Nejdelší takový úsek má délku 2134 nukleotidů. Bylo zjištěno, že fragmenty (GA)n existují současně ve více neobvyklých konformer?

Zahájení řešení

1. 1. 2009

Ukončení řešení

31. 12. 2013

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

27. 2. 2013

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP14-AV0-IA-U/01:1

Datum dodání záznamu

14. 4. 2014

Celkové uznané náklady

4 659 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 659 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč