Analýza environmentálních metagenomů metodami next-generation-sequencing a vývoj postupů pro analýzu dat

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

COST CZ

Veřejná soutěž

COST CZ 2 (SMSM2012LD2)

Hlavní účastníci

Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-7027/2012-36

Název projektu anglicky

Analysis of environmental metagenomes using next-generation-sequencing and development of data analysis procedures

Anotace anglicky

While most of the current research in next-generation-sequencing relates to medical sciences and experimental biology, this area has recently completely redesigned the methodology of environmental microbiology. The main goal of the project will be the development of novel approaches to the acquisition and evaluation of data derived from next-generation-sequencing of environmental samples, i.e. the metagenomes and metatranscriptomes of environmental populations of prokaryotes and eukaryotes. Special attention will be paid to (1) evaluation, selection and testing of most suitable approaches to analyze fungal and bacterial communities in environmental samples and (2) the comparison of community analysis results obtained by shotgun metagenomics, amplicon sequencing and other approaches (qPCR, biomarker analysis). In addition, bioinformatic tools for easy operations with metagenomics-derived data will be also developed that will allow for safe storage, filtering and quality control of sequence information

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EH - Ekologie – společenstva

CEP - vedlejší obor

EE - Mikrobiologie, virologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt popsal strukturu mikrobiálních populací na rostlinném opadu a odumřelém dřevě a identifikoval vhodné metod amplikonové sekvenace pro analýzu společenstev eukaryotních a prokaryotních mikroorganismů. Za stejným účelem byl vyvinut analytický softwarový nástroj.

Zahájení řešení

1. 3. 2012

Ukončení řešení

30. 6. 2015

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

26. 2. 2015

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP16-MSM-LD-U/02:1

Datum dodání záznamu

11. 10. 2017

Celkové uznané náklady

1 666 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 666 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč