Využití přístupů metagenomiky a metatraskriptomiky k charakterizaci mikrobiální diverzity člověkem ovlivněných půd

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

COST CZ

Veřejná soutěž

COST CZ 3 (SMSM2013LD3)

Hlavní účastníci

Biologické centrum AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-9339/2013-311

Název projektu anglicky

Application of metagenomics and metatranscriptomics for evaluation of microbial diversity of human impacted soils

Anotace anglicky

The aim of the project is to evaluate diversity of soil microbial community in different ecosystems influenced by human activity (intesive agriculture associated with organic manuring and drying, bare soils after receding of glaciers) with help pf 454 pyrosequencing. The protocols and workflow will be developed, standartized and adopted for amplicon and shot-gun sequencing projects as well as bioinformatics tools for sequence data analysis and annotation in frame of cooperation with abroad partners. Ourmain tasks will be: a) develop RNA extraction method from soil, deep subsurface horizons of soil, manured soils and perform metatrascriptome studies of active microbial communities in situ or in soil microcosms, and b) to develop tools and methods for soil derived plasmid DNA sequencing and annotation. Our effort will be invested into the support of students and the practical usage of metagenomic and metatranscriptomic tools by researcher and students in our laboratories as well as development of sustainable cooperation in this topic.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EH - Ekologie – společenstva

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation

Hodnocení poskytovatelem

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Jedním ze způsobů šíření genů tetracyklinových (TET) rezistencí mezi exkrementy a půdou na farmách je konjugace. Podařilo se nám získat lowGC plazmidy z čerstvých feces, které nesly rezistenci k TET, a zjistit sekvenci jednoho z nich. Porovnáním sekvence pFK2-7 s těmi, které už byly publikovány byly nalezeny rozdíly - přerušení konzervativní oblasti geny tet(Y)-tet(R). Pozitivní korelace mezi četností lowGC plazmidů a tet(Y) naznačuje možnost jejich zapojení v šíření tet(Y) na farmě.

Zahájení řešení

21. 3. 2013

Ukončení řešení

31. 10. 2015

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

26. 2. 2015

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP16-MSM-LD-U/02:1

Datum dodání záznamu

11. 10. 2017

Celkové uznané náklady

1 442 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 442 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč