Použití next generation sequencing pro diagnostiku virových a virům podobných chorob révy vinné

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

COST CZ

Veřejná soutěž

COST CZ 5 (SMSM2015LD5)

Hlavní účastníci

Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-33315/2015-1

Název projektu anglicky

Application of next generation sequencing for the diagnosis of viruses and virus-like diseases of grapevine

Anotace anglicky

Application of next generation sequencing for the diagnosis and characterisation of viruses and virus-like diseases of grapevines, both on genomic level and on interaction with their host plants

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

GF - Choroby, škůdci, plevely a ochrana rostlin

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

EE - Mikrobiologie, virologie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Ukončený projekt se zabýval sekvenováním nové generace (next generation sequencing - NGS) virů a viroidů révy vinné za účelem zjištění spektra patogenů této plodiny. Výsledky sekvenace byly publikovány v roce 2016 v prestižním vědeckém časopise Plos One. Tím byl dosažen výsledek V001 „Studium spektra virů infikujícího révu vinnou v ČR“. Následný průzkum rozšíření zjištěných virů byl publikován prací Eichmeier et al., 2016 a byl též publikován jako specializovaná mapa s odborným obsahem (Komínková a Komínek, 2017). Tím byl dosažen výsledek V002 „Výzkum rozšíření nově zjištěných virů a viroidů révy vinné v ČR“. V roce 2017 byly pomocí NGS analyzovány knihovny smallRNA z rostlin révy vinné odrůdy Ryzlink Rýnský, ozdravených v podmínkách in vitro a porovnány s výsledky NGS smallRNA z neozdravené rostliny stejné odrůdy ve stejných podmínkách. Tak byl dosažen výsledek V003 „Využití NGS technologie v ozdravování výchozích množitelských materiálů révy vinné v ČR“.

Zahájení řešení

14. 10. 2015

Ukončení řešení

31. 12. 2017

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

24. 2. 2017

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP18-MSM-LD-U/01:1

Datum dodání záznamu

12. 6. 2018

Celkové uznané náklady

1 688 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 688 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč