Spolupráce s Bioversity International na globální analýze a uchovávání genetické diverzity banánovníku
Cíle projektu
Cílem projektu je prohloubit a rozšířit spolupráci s Bioversity International a charakterizovat genetickou diversitu zástupců čeledi Musaceae uchovávaných ve světové genové bance (asi 500 položek) a to včetně nových položek, které budou v době řešení projektu do banky zařazovány (asi 150 položek). Analýzy budou prováděny s využitím genotypovací platformy v laboratoři řešitele. Díky komplexnímu přístupu, který kromě genotypování pomocí 19 mikrosatelitových markerů využívá informace o ploidii budou identifikovány položky obsahující více genotypů, mixoploidní položky, nesprávně popsané položky a duplikované položky. U položek, u kterých genotypování pomocí mikrosatelitových markerů neposkytne jednoznačné výsledky, budou analyzovány nukleotidové sekvence krátkého mezerníku 45S rRNA genů (ITS sekvence). Získaná data budou použita pro fylogenetickou analýzu s cílem objasnit původ pěstovaných forem banánovníku.
Klíčová slova
Musaceaegene bankgenetic diversityploidy levelgenome sizemicrosatellite markershigh-throughput capillary electrophoresissequencingITS region of 45S rDNA
Veřejná podpora
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Program
INGO II
Veřejná soutěž
INGO II 2 (SMSM2012LG2)
Hlavní účastníci
—
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
MSMT-7030/2012-36
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Collaboration with Bioversity International on global analysis and conservation of genetic diversity of bananas
Anotace anglicky
This project will contribute to the conservation and use of genetic diversity of bananas and plantains. The investigations will include all accessions held in the global gene bank as well as the accessions which will be newly introduced to the bank. Theexperiments will be performed using the recently established genotyping platform, and will include flow cytometric estimation of ploidy and genome size, and analysis using 19 microsatellite (SSR) markers. The accessions, which will not give clear resultsafter SSR genotyping, will be used for sequence analysis of ITS locus. This complex approach will result in detailed description of genetic diversity and facilitate identification of mixed and mixoploid accessions in the gene bank. The results will shedlight on the evolution and genomic constitution of edible banana clones and characterize genetic diversity and phylogenetic relationships within the family Musaceae.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EB - Genetika a molekulární biologie
CEP - vedlejší obor
EF - Botanika
CEP - další vedlejší obor
—
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10611 - Plant sciences, botany
10612 - Mycology
30101 - Human genetics
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Byl charakterizován genotyp dalších 150 položek banánovníku uložených v mezinárodní genové bance. V každé položce byla stanovena ploidie pomocí průtokové cytometrie. U 25 položek byly výsledky získané DNA cytometrií potvrzeny počítáním chromozómů v buňk?
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 3. 2012
Ukončení řešení
31. 12. 2014
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
25. 2. 2014
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP15-MSM-LG-U/01:1
Datum dodání záznamu
2. 7. 2015
Finance
Celkové uznané náklady
3 943 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 923 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
1 020 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
3 943 tis. Kč
Statní podpora
2 923 tis. Kč
74%
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Doba řešení
01. 03. 2012 - 31. 12. 2014