Srovnávací genomika rostlinných mitochondrií

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

KONTAKT II

Veřejná soutěž

KONTAKT II 5 (SMSM2015LH5)

Hlavní účastníci

Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-32267/2015-1

Název projektu anglicky

Comparative Genomics of Plant Mitochondria

Anotace anglicky

Plant mitochondrial genomes contain large intergenic regions and often are highly rearranged. Some species, for example Silene vulgaris, exhibit particularly high level of structural variation in mitochondrial genomes. We propose to sequence mitochondrial genomes of (sub)species closely related to Silene vulgaris with contrasting reproduction systems (gynodioecy versus hermaphroditism). The aim is to decipher evolutionary trends in mitochondrial genomic structure and to find their possible correlation with modes of reproduction. We also plan to perform phylogenetic analyses of individual mitochondrial genes to attempt to estimate an ancestral state of Silene vulgaris mitochondrial genome. We will search for candiadate chimeric genes, capable to encode cytoplasmic male sterility and describe their phylogenetic relationships. The project will contribute to the understanding of the evolution of complex mitochondrial genomes of higher plants and gynodioecy.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

EF - Botanika

CEP - další vedlejší obor

GE - Šlechtění rostlin

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Nalezli jsme metodický postup vhodný k sestavení extrémně proměnlivých rostlinných mitochondriálních genomů. Zkombinovali jsme Illumina MiSeq a PacBio data získaná ze vzorku celkové DNA poupat jediné rostliny. Potvrdili jsme ancestrální fylogenetickou pozicí vysokohorských populací silenky obecné a evoluční trend postupné fragmentace mitochondriálního genomu u tohoto druhu. Přispěli jsme k objasnění evoluce cytoplazmatické pylové sterility u planých rostlin.

Zahájení řešení

1. 1. 2016

Ukončení řešení

31. 12. 2017

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

2. 3. 2017

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP18-MSM-LH-U/01:1

Datum dodání záznamu

7. 6. 2018

Celkové uznané náklady

2 364 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 908 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

456 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč