Komplexní studium diplonemidů, nových klíčových hráčů v oceánech

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

ERC CZ

Veřejná soutěž

ERC CZ 3 (SMSM2016LL1)

Hlavní účastníci

Biologické centrum AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-31258/2016-1

Název projektu anglicky

Comprehensive study of diplonemids: emerging key players in the oceans

Anotace anglicky

"Diplonemids are perfect example of missing biology - these virtually unknown heterotrophic protists have recently been identified as one of the major eukaryotic groups populating the world oceans. In the samples collected during the global Tara Oceans expedition, this taxon ranks as the 6th most abundant eukaryote of the photic layer, and is likely even much more abundant in the meso- and bathypelagic zones. Diplonemids appear to be the 3rd most diverse eukaryotes (after metazoans and dinoflagellates) with thousands of species, for which some sequence but no cellular identity is available. Only one out of a total of 5 described species has been studied, revealing unique molecular mechanisms in gene expression. Of the major marine clades, not a single representative is available in culture and the morphology, metabolism, genome, ecology of these organisms are totally unknown. This project aims to fill the enormous gap in our knowledge about this major player in the oceanic ecosystem. Our main objectives are: i/ Comprehensive study of organismal features: isolate new strains and develop stable cultures; describe their life cycle and replicate it in the laboratory; turn (at least) one strain into a genetically tractable system; estimate their biomass, growth rates and ecological functions; map the global genetic diversity of diplonemids; ii/ Omics: sequence their nuclear and mitochondrial genomes, as well as transcriptomes under different conditions and map their metabolism; attempt single cell genomics and transcriptomics on the “uncultured masses”; iii/ Molecular functions: dissect mitochondrial metabolism, survey mitochondrial RNA editing and trans-splicing and characterize corresponding machineries of diverse representatives. This ambicious study will provide fundamental insights into a largely unexplored yet omnipresent form of eukaryotic life on the planet. "

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

EH - Ekologie – společenstva

CEP - další vedlejší obor

EE - Mikrobiologie, virologie

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Mořské mikroorganismy produkují 50 % veškerého kyslíku na této planetě, ukládají oxid uhličitý a tvoří i většinu celé oceánské biomasy. Projekt se zabýval popisem druhové a morfologické rozmanitosti, molekulární a buněčnou biologií a ekologickou funkcí jednobuněčných organismů, neboli prvoků, označovaných jako diplonemy. Tito prvoci byli dosud přehlíženi z technických důvodů a byla to naše laboratoř, která ukázala, že se jedná o jedny z nejběžnějších buněk v moři a tudíž ekvivalent „temné hmoty“ v oceánu. Ačkoli jsme do roku 2015 o nich téměř nic nevěděli, jedná se patrně o jedny z nejpočetnějších buněk na Zemi. V rámci tohoto projektu byla popsána detailně nejen struktura jejich buněk a řadu aspektů jejich molekulární biologie, ale řešitelský tým dokázal je také změnit na geneticky modifikovatelné organismy, což umožní jejich další a zrychlené studium.

Zahájení řešení

1. 1. 2017

Ukončení řešení

30. 6. 2022

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

4. 5. 2022

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP23-MSM-LL-U

Datum dodání záznamu

30. 6. 2023

Celkové uznané náklady

55 613 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

55 613 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč