Virální RNA modifikace - Esenciální kroky v chemické evoluci proteinových kofaktorů

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

ERC CZ

Veřejná soutěž

ERC CZ 3 (SMSM2016LL1)

Hlavní účastníci

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-31258/2016-1

Název projektu anglicky

Viral RNA modifications – Essential steps in Chemical Evolution of Protein Cofactors

Anotace anglicky

Viruses are a major force that shapes the evolution of both pro- and eukaryotic organisms. The mechanism of action of various viruses has been the primary focus of many studies, yet, there are surprisingly scarce data on RNA modifications or RNA conjugates in any type of viruses. The vitally important methods for the sensitive analysis of RNA modifications enabling detailed studies of the chemical structure of various RNA entities are being developed only recently and they have never been applied to viral RNA. The recent finding of nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) attached to plasmid encoded RNA molecules responsible for replication of plasmids in E. coli hints that other episomes such as herpesvirus, adenovirus (ds DNA viruses) and even other simple forms of life could also employ RNA molecules with covalently attached coenzymes or other conjugates. The simplicity of their genomes and well described structure and machinery of various viruses makes them a perfect model system for studying the role of new RNA conjugates such as NAD-RNA. The goal of this project will be an in-depth study of the chemical structure of viral RNA molecules (coding and non-coding) of mammalian viruses (DNA and RNA), bacteriophages and plant viruses by means of mass spectrometry (MS). After detection of any modification or conjugate, new chemical or chemo-enzymatic methods will be employed or developed to identify modified RNA sequences. The quantification of modifications on particular RNAs and dependence on viral infection progress will be addressed. Once the function of modified RNA has been found, the biogenesis, biodegradation and mechanisms of interaction of viral RNA with host cell targets will be the objective of further studies. This project will bring qualitatively new insights into the mechanism of action of various viral RNAs in host cells and will have the potential to employ these findings in the development of new RNA-based antiviral treatments.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CE - Biochemie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt řešený dr. Hanou Cahovou byl zaměřen na hledání nových RNA modifikací a pochopení role takových modifikací v přirozených a patologických procesech buněk. V rámci tohoto projektu se skupině Dr. Cahové podařilo objevit novou třídu RNA čepiček v bakteriích, popsat typické modifikace ve virové RNA nebo pochopit doposud neznámou roli NAD RNA čepičky při infekci virem HIV-1.

Zahájení řešení

1. 1. 2017

Ukončení řešení

31. 12. 2021

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

16. 2. 2021

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP22-MSM-LL-U

Datum dodání záznamu

21. 6. 2022

Celkové uznané náklady

48 762 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

48 762 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč