Role hybridizace a apomixie v evoluci tribu Boechereae

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

INTER-EXCELLENCE

Veřejná soutěž

INTER-EXCELLENCE 1 (SMSM2016LTA01)

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-16988/2017-1

Název projektu anglicky

The role of hybridization and apomixis in evolution of the tribe Boechereae

Anotace anglicky

We propose to investigate patterns of genome evolution in the tribe Boechereae (c. 130 species in 9 genera) and genus Boechera (>110 species). The genus Boechera exhibits extraordinary high levels of cross-species hybridization and includes the only genetically tractable plant species with frequent incidence of diploid apomictic reproduction. Specifically we intend to: (i) construct complete cytogenomic maps by comparative chromosome painting (CCP) of approx. 25 Boechereae species, including all nine genera currently assigned to the tribe (e.g., Borodinia, Phoenicaulis, Sandbergia) and all ten well-supported clades of Boechera identified by earlier phylogenetic analyses. (ii) construct complete cytogenomic maps by CCP for at least five phylogenetically divergent Boechera species with re-sequenced genomes (e.g., B. davidsonii, B. parishii, B. paupercula, B. perennans, B. retrofracta); the sequenced B. stricta genome serving as a reference. (iii) leverage data derived from CCP and genomic in situ hybridization (GISH) to disentangle the mode of origin and parentage of at least ten hybrid Boechera species spanning the phylogenetic tree and representing all five previously recognized combinations of ploidy and reproductive mode (i.e., diploid, aneuploid, triploid, and tetraploid apomicts as well as the uncommon sexual allotetraploidy). (iv) elucidate the origin of aberrant chromosomes in diploid, aneuploid and triploid Boechera apomicts by CCP and GISH. (v) establish functional and evolutionary links between (a) hybridization/polyploidization, (b) genome structure including chromosomal rearrangements, (c) abberant chromosomes/aneuploidy, (d) the origin of apomixis, (d) phylogenetic relationships, and (e) eco-geographic patterns

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

EF - Botanika

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

GE - Šlechtění rostlin

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Výsledky projektu zahrnují získání vysokého počtu srovnávacích cytogenomických map pro druhy rodu Boechera a tribu Boechereae. Tyto výsledky umožnily rekonstrukci vzniku a evoluce genomů v tribu Boechereae a hlubší pochopení jak je apomiktický způsob rozmnožování spojen s chromosomovými přestavbami v rodu Boechera. Embryologické analýzy ukázaly, že apomixie vznikla v tribu Boechereae opakovaně. Dále byla optimalizována identifikace hybridních apomiktických genomů pomocí genomově specifických mikrosatelitů a připravena serie mezidruhových hybridů k dalšímu studiu vztahu apomixie-chromosomové přestavby. Bezprostředním výsledkem projektu jsou tři odborné publikace.

Zahájení řešení

1. 7. 2017

Ukončení řešení

31. 12. 2020

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

24. 2. 2020

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP21-MSM-LT-U/01:2

Datum dodání záznamu

1. 7. 2021

Celkové uznané náklady

3 666 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

3 666 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč