Ověřování genomických postupů v malých populacích

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

INTER-EXCELLENCE

Veřejná soutěž

SMSM2019LTA01

Hlavní účastníci

Česká zemědělská univerzita v Praze / Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-37785/2019-2

Název projektu anglicky

Verification of genomic procedures in small populations

Anotace anglicky

Breeding of farm animals is highly organised on state level. Basis of selection is the reliable evaluation of nation-wide files of production recording and mutual relationships of all animals with methods BLUP/REML which yields to the solution of huge system of equations with size of millions to hundreds of millions equations with millions to hundreds of millions unknowns. In last period are into these equations implanted genetic SNP markers from genomic chips. Processing and evaluation of these files needs permanent development. Research in this profession in the Czech Republic is concentrated in Inst. Anim. Sci. Uhříněves, education in Czech Univ. of Life Sci. Praha, and practical evaluation for breeders is perform by ČMSCH/Plemdat Hradištko pod Medníkem. Evaluation is under international audit with international certificate. Worldwide leading place in development of algorithm and software is University of Georgia, USA (prof. Misztal). Purpose of submitted project is the collaboration with workplace in USA and participation on global development and testing of algorithms, and software for adaptation of genomic data, construction and adjustments of genomic relationship matrices, processing of huge files, modification of methodical approaches to the smaller populations including influence of exporting populations, crossbreeds, and overlapping populations, inversion of large matrices and solving of large systems of equations, taking into account country of animal origin in systems of equations, determining the reliability of estimated constants, and validation of procedures of genomic evaluation. The project will be continuously methodically precise by consultations with prof. Misztal.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

40301 - Veterinary science

OECD FORD - vedlejší obor

10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

EA - Morfologické obory a cytologie<br>GJ - Choroby a škůdci zvířat, veterinární medicina

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt se zabýval ověřením genomických postupů v malých populací. Cílem bylo ověřit a implementovat metodické postupy konvenčního a genomického hodnocení jedinců v malých populacích. Řešení projektu bylo rozčleněn na 4 klíčové oblasti. V průběhu řešení projektu bylo řešení těchto oblastí na jednotlivých pracovištích splněno. V průběhu grantu bylo publikováno 9 publikaci kategorie JIMP, 2 CMET a další výstupy (JNEIMP, O, Z, W).

Zahájení řešení

1. 11. 2019

Ukončení řešení

31. 12. 2022

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

1. 3. 2022

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP23-MSM-LT-U

Datum dodání záznamu

30. 6. 2023

Celkové uznané náklady

9 665 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

7 971 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

1 694 tis. Kč