Přínos mikroskopie s vysokým rozlišením a analýzy obrazu ke studiu rostlinných in vitro kultur, zejména embryogenní kultury jehličnanů
Cíle projektu
The aim of the COST Action CA15124 - A new Network of European BioImage Analysts to advance life science imaging (NEUBIAS) is to maximise the outputs of image-based research in life sciences by empowering the international network of bioimage analysis (IA) experts - BIAlysts. The Action will organize meetings to foster interactions of all stakeholders including life scientists, bialysts, microscopists, software developers and private sector. The aim of our project is to create IA methods of microscopic/IA tasks which we have met during the study of our main research topic – somatic embryogenesis of conifers. We will estimate the volume of non-embryogenic mass in somatic embryogenic culture of Douglas fir by the combination of Cavalieri´s principle and the point-counting method. We will use laser scanning confocal microscope to quantify viability of the cells of Norway spruce early somatic embryos. Using measurements of optical parameters and colour characteristics, we will quantify histochemical proof of phenolic compounds on the Norway spruce somatic embryo sections. Together with bialysts we will try to quantify immunohistochemical reaction on the Norway spruce somatic embryo sections and the protein turnover during starvation-dependent autophagy process using photoconvertible proteins in tobacco BY-2 cells. We provide our datasets to the interactive database for bioimage analysis tools and workflows that will be created by the Action.
Klíčová slova
Image analysisstereologysuperresolution microscopymicrotechniqueshistochemistrysomatic embryogenesis of conifers
Veřejná podpora
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Program
INTER-EXCELLENCE
Veřejná soutěž
INTER-EXCELLENCE 2 (SMSM2016LTC01)
Hlavní účastníci
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
MSMT-15304/2017-1
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Contribution of superresolution microscopy and image analysis to the study of plant in vitro cultures with the emphasis on somatic embryogenesis of conifers
Anotace anglicky
Cílem projektu je vytvoření metodických postupů kvantitativního hodnocení úloh, které vycházejí z mikroskopických pozorování. V předkládaném projektu, v součinnosti s experty na pokročilou počítačovou analýzu obrazu, stanovíme poměrné zastoupení neembryogenní hmoty v embryogenní kultuře douglasky tisolisté, kvantifikujeme viabilitu buněk v rámci objemu celého raného somatického embrya smrku ztepilého a kvantifikujeme histochemický důkaz obsahu fenolických látek ve zralých somatických embryích. Budeme řešit možnost kvantitativního hodnocení imunohistochemické detekce antigenů v pletivech somatických embryí smrku a možnost monitorování procesu autofagie v buňkách tabákové suspenzní kultury (kterou použijeme jako referenční materiál k suspenzorovým buňkám somatických embryí smrku) s využitím fotokonvertibilních fluorescenčních proteinů.
Vědní obory
Kategorie VaV
ZV - Základní výzkum
CEP - hlavní obor
EF - Botanika
CEP - vedlejší obor
ED - Fyziologie
CEP - další vedlejší obor
EA - Morfologické obory a cytologie
OECD FORD - odpovídající obory
(dle převodníku)10601 - Cell biology
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
10611 - Plant sciences, botany
10612 - Mycology
30105 - Physiology (including cytology)
Hodnocení dokončeného projektu
Hodnocení poskytovatelem
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Vypracovali jsme postupy hodnocení mikroskopických snímků histologických řezů rostlinným pletivem, snímků buněk pozorovaných v DIC a fluorescenčních snímků buněk značených protilátkami. Pracovali jsme se třemi rostlinnými modely – embryogenními kulturami douglasky tisolisté a smrku ztepilého a buněčnou kulturou tabáku BY-2. K hodnocení jsme využili metody digitální analýzy obrazu a nástroje počítačových programů Ellipse, NIS-Elements a ImageJ.
Termíny řešení
Zahájení řešení
17. 5. 2017
Ukončení řešení
2. 5. 2020
Poslední stav řešení
U - Ukončený projekt
Poslední uvolnění podpory
24. 2. 2020
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP21-MSM-LT-U/01:1
Datum dodání záznamu
15. 6. 2021
Finance
Celkové uznané náklady
2 545 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
2 545 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
0 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
2 545 tis. Kč
Statní podpora
2 545 tis. Kč
100%
Poskytovatel
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
CEP
EF - Botanika
Doba řešení
17. 05. 2017 - 02. 05. 2020