Studium interakcí domén přirozeně neuspořádaného proteinu MAP2c (microtubule- associated protein 2c) s jeho vazebnými partnery pomocí výpočetních metod a nukleární magnetické rezonance

Poskytovatel

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

Program

INTER-EXCELLENCE

Veřejná soutěž

INTER-EXCELLENCE 2 (SMSM2016LTC01)

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

MSMT-15304/2017-1

Název projektu anglicky

Study of domain interactions of intrinsically disordered protein MAP2c (Microtubule-Associated Protein 2c) with its binding partners via computational methods and nuclear magnetic resonance

Anotace anglicky

The main focus of this project is MAP2c (Microtubule-Associated Protein 2c) protein, an IDP regulating structure and dynamics (polymerization and degradation) of microtubules (MTs) which is essential for correct function of cytoskeleton of nervous and other cells (intracellular transport, cell replication and growth). MAP2c is a 49 kDa protein consisting of several structural and functional regions. The N-terminal part contains two important regions: The N-terminus itself with a high content of negatively charged amino acids and the region rich in proline. This segment contains a probable binding site for other regulatory proteins that interact with MAP2c, such as the SH3 domain of plectin. The second important part of MAP2c is a highly conserved C-terminal domain that binds to MTs. The aim of this project is to follow up on our preliminary results using methods developed in the principal investigator’s group and to describe experimentally the so far insufficiently explored properties of the MAP2c domains and their influence on the protein function and interaction with potential interaction partners. To obtain a relevant model describing structural and interaction characteristics of the studied molecule we propose performing molecular dynamics simulations for individual MAP2c regions and using the results for interpretation of the NMR data on the level of representative conformational ensembles.

Kategorie VaV

ZV - Základní výzkum

CEP - hlavní obor

CE - Biochemie

CEP - vedlejší obor

BO - Biofyzika

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Na základě analýzy parametrů NMR jsme charakterizovali přechodné struktury proteinu Tau a porovnali je s výsledky analýzy MAP2c. Odhalili jsme výrazné rozdíly v N-terminálních oblastech a důležité odchylky v C-koncových částech. Výsledky pro oba proteiny jsme porovnali s jejich interakcemi, fyziologickými a patologickými funkcemi a publikovali v časopise Biomolecules

Zahájení řešení

1. 6. 2017

Ukončení řešení

25. 3. 2019

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

25. 2. 2019

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP20-MSM-LT-U/01:3

Datum dodání záznamu

19. 6. 2020

Celkové uznané náklady

1 425 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

1 425 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč