XGENE.ORG -- veřejný nástroj integrované analýzy transkripčních, miRNA and metylačních dat

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Resortní program výzkumu a vývoje Ministerstva zdravotnictví III

Veřejná soutěž

VaV pro Ministerstvo zdravotnictví III 4 (SMZ0201301)

Hlavní účastníci

—

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NT14539-3/2013

Název projektu anglicky

XGENE.ORG -- a public tool for integrated analysis of microarray, microRNA and methylation data

Anotace anglicky

This project significantly extends the current public XGENE.ORG web tool in order to facilitate integrated knowledge discovery from raw mRNA, miRNA and methylation data with concurrent utilization of the structured genomic background knowledge. There are two main project outputs: the tool (and the methodology behind it) itself and the particular results reached in cooperation with clinical and biological departments working in the fields of myelodysplastic syndrome and germ cell tumors. The solution is based on relational learning algorithms, stochastic optimization, statistics and development of web applications. The tool outputs namely 1) biologically understandable patterns having a form of sets or annotated networks of specific related elements such as genes, proteins, miRNA sequences or methylation islands interconnected with particular subsets of biological samples under study and 2) predictive models classifying samples characterized by measurable molecular markers with unknown phenotypes.

Kategorie VaV

NV - Neprůmyslový výzkum (aplikovaný výzkum s výjimkou průmyslového)

CEP - hlavní obor

IN - Informatika

CEP - vedlejší obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Metodika rozšiřující analytické možnosti existujícího nástroje XGENE.ORG. Aplikace náročných postupů integrace komplexních dat pro transkripční, miRNA a metylační data.

Zahájení řešení

1. 5. 2013

Ukončení řešení

31. 12. 2015

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

20. 3. 2015

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP16-MZ0-NT-U/02:1

Datum dodání záznamu

19. 12. 2016

Celkové uznané náklady

4 683 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

4 683 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč