Prospektivní studie na včasnou detekci karcinomu pankreatu a sledování průběhu léčby na základě lipidomického profilování hmotnostní spektrometrií
Cíle projektu
Tento projekt je zaměřen na analýzu lipidomického složení krevního séra a nádorových tkání pacientů s karcinomem pankreatu ve srovnání se zdravými kontrolami. Prospektivní sběr vzorků séra a tkání společně se sběrem klinických informací a měřením základních klinických parametrů bude probíhat ve FN Olomouc, FN Hradec Králové a na Lékařské fakultě Univerzity Palackého v Olomouci. Kromě toho bude využita i sada vzorků z biobanky FN Olomouc za účelem optimalizace analytické metodologie pro lipidomickou analýzu, která bude provedena na Univerzitě Pardubice s cílem stanovení molárních koncentrací minimálně 200 lipidů z 5 kategorií lipidů (fosfolipidy, sfingolipidy, glycerolipidy, steroly a mastné kyseliny). Celý pracovní postup bude optimalizován pro budoucí rutinní využití v klinické laboratoři, tedy s využitím nízkorozlišujícího hmotnostního spektrometru typu trojitého kvadrupólu, který se dnes již stává běžnou výbavou klinických laboratoří. Pomocí vícerozměrné analýzy dat budou vytvořeny statistické modely pro rozlišení skupin pacientů od zdravých kontrol včetně stanovení správnosti metody, sensitivity a specificity. Dalším úkolem bude sledování průběhu léčby v korelaci s lipidomickým profilem séra pacientů. Všechna získaná klinická a analytická data budou společně vyhodnocena s použitím moderních bioinformatických postupů s cílem nalezení nejvíce dysregulovaných lipidů pro karcinom pankreatu, což podle dosavadních výsledků jsou zejména downregulované mononenasycené sfingomyeliny s dlouhým alifatickým řetězcem (SM 41:1, SM 39:1, SM 42:1, atd.) a upregulované fosfolipidy a sfingolipidy složené z kombinací 16:0 a 18:1 mastných kyselin. Finálně bude celá metodologie převedena do VFN v Praze, aby se ověřila možnost realizace celého postupu za podmínek klinické laboratoře. Cílem projektu je optimalizace celého postupu od odběru vzorků až po způsob reportování výsledků a příprava metody pro následnou klinickou validaci.
Klíčová slova
Karcinom pankreatuPancreatic cancerHmotnostní spektrometrieMass Spectrometrylipidomická analýzalipidomvícerozměrná analýza datlipidomic analysislipidomemultivariate data analysis
Veřejná podpora
Poskytovatel
Ministerstvo zdravotnictví
Program
Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026
Veřejná soutěž
SMZ0202100001
Hlavní účastníci
Univerzita Pardubice / Fakulta chemicko-technologická
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
NU21-03-00499
Alternativní jazyk
Název projektu anglicky
Prospective study on early pancreatic cancer detection and therapy monitoring using lipidomic profiling by mass spectrometry
Anotace anglicky
This project deals with the lipidomic analysis of human serum and tumor tissues of pancreatic cancer patients in comparison to healthy controls. The prospective collection of serum and tissue samples together with the collection of clinical information and measurements of basic clinical parameters will be performed at FN Olomouc, FN Hradec Králové, and Medical Faculty of Palacký University in Olomouc. The set of retrospective samples from biobank at FN Olomouc will be used for the purpose of optimization of analytical methodology at University of Pardubice with the goal to quantify at least 200 lipids from 5 lipid categories (phospholipids, sphingolipids, glycerolipids, sterols, and fatty acyls). The whole workflow will be optimized in respect to future routine use in the clinical laboratory, which means the use of low-resolution triple quadrupole mass spectrometer that is becoming a common equipment of clinical laboratories. Statistical models based on multivariate data analysis will be prepared for the differentiation of patients and healthy controls including the determination of accuracy, sensitivity, and specificity. Other task is the monitoring of treatment in correlation with lipidomic profiles of patient sera. All obtained clinical and analytical data will be evaluated using modern bioinformatics approaches with the goal to find the most dysregulated lipids for the pancreatic cancer. Based on previous results, the most downregulated lipids are monounsaturated sphingomyelins with long-chain fatty acyls (SM 41:1, SM 39:1, SM 42:1, etc.) and upregulated phospholipids and sphingolipids containing combinations of 16:0 and 18:1 fatty acyls. Finally, the whole methodology will be translated to VFN Prague to verify the applicability of whole approach at conditions of clinical laboratory. The aim is the optimization of whole workflows starting from the sample collection up to reporting results and the preparation of this method for subsequent clinical validation.
Vědní obory
Kategorie VaV
AP - Aplikovaný výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10406 - Analytical chemistry
OECD FORD - vedlejší obor
—
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory
(dle převodníku)CB - Analytická chemie, separace
Termíny řešení
Zahájení řešení
1. 5. 2021
Ukončení řešení
31. 12. 2025
Poslední stav řešení
K - Končící víceletý projekt
Poslední uvolnění podpory
12. 4. 2024
Dodání dat do CEP
Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP25-MZ0-NU-R
Datum dodání záznamu
12. 3. 2025
Finance
Celkové uznané náklady
14 053 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
13 978 tis. Kč
Ostatní veřejné zdroje financování
75 tis. Kč
Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.
0 tis. Kč
Základní informace
Uznané náklady
14 053 tis. Kč
Statní podpora
13 978 tis. Kč
99%
Poskytovatel
Ministerstvo zdravotnictví
OECD FORD
Analytical chemistry
Doba řešení
01. 05. 2021 - 31. 12. 2025