Proteogenomová klasifikace trojitě negativních nádorů prsu ve vztahu k prognóze a cílené terapii

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026

Veřejná soutěž

SMZ0202200001

Hlavní účastníci

Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NU22-08-00230

Název projektu anglicky

Proteogenomics classification of triple negative breast cancer for prognosis and targeted therapy

Anotace anglicky

Triple negative breast cancer (TNBC) appears as a homogenous group within a current breast cancer (BC) classification based on hormonal/Her-2 receptors and is typically treated using chemotherapy. Based on gene expression classification, however, this is a molecularly heterogeneous subtype that can be classified into several sub-subtypes, typically described as “basal-like“, “luminal androgen receptor“, “mesenchymal-like“ a “immunomodulatory“. Our published pilot proteomics data from 16 TNBC tumors show the highest heterogeneity among BC subtypes, however, detailed classification based on proteomics profiles (proteotypes) has not been described yet. We have retrospectively selected a well characterized set of 108 TNBC fresh frozen tumors, another 146 tumors are available in formalin-fixed, paraffin embedded blocks for validation. Pilot proteomics data obtained using DIA-MS method show more than 7000 quantified proteins in every sample, which represents the highest BC coverage up to date. This TNBC set will be (i) classified into sub-subtypes based on proteotypes, (ii) differences between transcriptomics (RNA-Seq) a proteomics profiles will be characterized and gene products typical for protein level will be identified, and (iii) impact of somatic mutations on levels of key proteins identified in proteotypes will be analyzed. We will aim to identify proteins, molecular pathways and mutations critical for TNBC proteotype classification that associate with therapy response, patient survival and could serve as targets of stratified TNBC treatment. The role of key proteins will be functionally studied in in vitro models. Based on proteogenomics analysis, patients suitable for specific treatments that are expected to enter clinical practice soon will be identified.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

30204 - Oncology

OECD FORD - vedlejší obor

—

OECD FORD - další vedlejší obor

—

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

FD - Onkologie a hematologie

Zahájení řešení

1. 5. 2022

Ukončení řešení

31. 12. 2025

Poslední stav řešení

B - Běžící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

28. 4. 2023

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-MZ0-NU-R

Datum dodání záznamu

21. 2. 2024

Celkové uznané náklady

11 625 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

11 625 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč