Multiomický přístup k vývoji biomarkerů predikce rezistence karcinomu prsu

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026

Veřejná soutěž

SMZ0202200001

Hlavní účastníci

Státní zdravotní ústav se sídlem v Praze

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

NU22-08-00281

Název projektu anglicky

Multiomics for discovery of biomarkers for breast carcinoma resistance prediction

Anotace anglicky

Breast carcinoma is the most frequent female cancer diagnosis worldwide. Multidrug resistance in some patients diminishes the curative effect of oncological therapy. We previously discovered differences in expression of drug metabolism and transport genes in tumor tissues of poorly responding patients compared to those with good response to cytotoxic therapy. These findings support the hypothesis about the existence of molecular factors responsible for tumor resistance. The present project aims to broaden the study to gene panel selected with the help of our previous studies and publicly available Big Data. We plan to use modern methods based on the next generation sequencing (NGS) for assessment of germline and somatic genetic alterations in candidate gene panel selected using in silico bioinformatics tools from databases as TCGA. Genetic variability and clinical data of patients will also be compared with total transcriptome and epigenetic factors (non-coding RNA and CpG methylome) in tumor and paired adjacent non-neoplastic control tissues of patients. Genes and variants with in silico deleterious effects and clinical associations with the response of patients to neoadjuvant therapy will be prioritized for further validation in the historical set of more than 500 patients with breast carcinoma. Most promising candidates will be further functionally characterized in established in vitro models. This project will deliver a pool of variants and somatically altered genes directly associating with the response of breast carcinoma patients to the cytotoxic therapy or associating with the disease progression. We also plan to reveal the mechanism of action of identified biomarkers. Knowledge of these molecular factors will contribute to further progress of precision medicine in oncology.

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

OECD FORD - hlavní obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

OECD FORD - vedlejší obor

30204 - Oncology

OECD FORD - další vedlejší obor

30101 - Human genetics

CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

AF - Dokumentace, knihovnictví, práce s informacemi<br>BC - Teorie a systémy řízení<br>BD - Teorie informace<br>EB - Genetika a molekulární biologie<br>FD - Onkologie a hematologie<br>IN - Informatika

Zahájení řešení

1. 5. 2022

Ukončení řešení

31. 12. 2025

Poslední stav řešení

B - Běžící víceletý projekt

Poslední uvolnění podpory

28. 4. 2023

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP24-MZ0-NU-R

Datum dodání záznamu

21. 2. 2024

Celkové uznané náklady

11 694 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

11 304 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

390 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč